Transkriptomik: Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Differenzielle Analyse der an mikrobiellen Matten beteiligten cDNA

Rajarshi Patnaik

Unbefleckte mikrobielle Matten aus den Salinen der Camargue (Frankreich), die in Mikroben gehalten werden, wurden mit Erika-Heizöl verunreinigt, um Qualitätssicherungssysteme zu identifizieren, die entsprechend der hohen Heizölverschmutzung aktiviert werden. Der Differential-Experiment-Ansatz wurde angepasst, um differentiell kommunizierte mRNA in komplexen bakteriellen Netzwerken zu identifizieren. Unter den sechs freigelegten differentiell kommunizierten (DD) cDNA-Abschnitten wurde einer identifiziert und mit einem ABC-Typ-Efflux-Pumpen verbunden. Ein zweiter DD-Abschnitt wurde mit einem moderierten spekulativen Protein identifiziert, das in einer Vielzahl von Bakterienarten vorkommt. Obwohl differentiell kommunizierte Abschnitte nicht eindeutig identifiziert werden konnten, eröffnet diese Untersuchung neue Perspektiven für die Verbesserung unseres Verständnisses der Reaktion mikrobieller Netzwerke nach Ölverschmutzung. Mikroben gelten als die wichtigsten biotischen Akteure bei der Verseuchung von ölbasierten Rohstoffen in der Natur. Da einzelne Bakterienarten eine begrenzte Anzahl von Kohlenwasserstoffen verseuchen können, wird die biologische Öldegradation vor Ort normalerweise von einem Konsortium aus mehreren Bakterienarten durchgeführt. Verschiedene Faktoren können die Stabilität der bakteriellen Netzwerkstruktur beeinflussen, darunter bakterielle Rivalität, Prophagen und physikalische/chemische Bedingungen. In Strandgebieten, die besonders ungeplanten Ölverschmutzungen und anderen unsachgemäßen Praktiken ausgesetzt sind, bilden sich mikrobielle Matten an der Wasser-Schlamm-Grenzfläche. Das natürliche Wachstum dieser bakteriellen Strukturen und ihre weitreichende Ansammlung mikrobieller Aktivitäten legen nahe, dass sie für die Bioremediation von Umweltverschmutzungen nützlich sein könnten.