Enzymtechnik
Offener Zugang
ISSN: 2329-6674
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Viele Protein-Protein-Wechselwirkungen werden durch Peptiderkennungsmodule vermittelt, kompakte Domänen, die an kurze Peptide binden und eine entscheidende Rolle in einer Vielzahl biologischer Prozesse spielen. Aktuelle experimentelle Protein-Wechselwirkungsdaten bieten uns die Möglichkeit zu untersuchen, ob wir ihre Wechselwirkungen durch rechnergestützte Sequenzanalyse erklären oder sogar vorhersagen können.
Das Design von Protein-Peptid-Wechselwirkungen hat ein breites Spektrum an praktischen Anwendungen und ermöglicht auch Einblicke in die Grundlagen der molekularen Erkennung.
Die einfachste Methode zur Identifizierung der Bindungspartner eines Peptids besteht darin, es als Köder in einem Affinitäts-Pulldown-Experiment zu verwenden und dann seine Bindungsproteine direkt nachzuweisen. Pull-Down-Assays eignen sich sowohl zur Bestätigung der Protein-Protein-Wechselwirkungen, die mit anderen Techniken (z. B. Co-Immunpräzipitation) vorhergesagt wurden, als auch als erste Screening-Tools zur Identifizierung neuer Protein-Protein-Wechselwirkungen. Synthetische Peptide werden häufig verwendet, um vermutete Protein-Protein-Wechselwirkungen zu überprüfen, indem die Bindung kompetitiv gestört wird. Biotinylierte Peptide, die eine spezifische funktionelle Domäne enthalten, und ihre entsprechenden nativen Kontrollpeptide werden an Avidin-konjugierte Harze immobilisiert. Die Proben werden mit den Harzen inkubiert. Waschen Sie anschließend die Harze, um alle ungebundenen Proteine zu entfernen. Die gebundenen Proteine werden eluiert und mittels SDS-PAGE analysiert.
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