Immunomforschung
Offener Zugang

Abstrakt

Ein Vergleich zweier Methoden zur T-Zell-Epitopkartierung: „zellfrei“ in vitro versus Immuninformatik

Timothy J. Messitt, Frances Terry, Leonard Moise, William Martin, Anne S. De Groot

Hintergrund

Methoden zur Identifizierung physiologisch relevanter T-Zell-Epitope sind für die Entwicklung von Impfstoffen und die Entwicklung therapeutischer Proteine ​​von entscheidender Bedeutung. Da die Zahl der Proteine, die auf ihre mutmaßliche Immunogenität hin untersucht werden, zunimmt, besteht ein großer Bedarf an schnellen und präzisen Werkzeugen. Es wurden mehrere Methoden zur Identifizierung von T-Zell-Epitopen entwickelt, von denen die neueste ein zellfreies System ist, das aus einem minimalen Satz von Proteasen besteht, die mit HLA DRB1*0101, HLA-DM und dem gesamten Antigen inkubiert wurden. Die Isolierung und Sequenzierung der HLA-gebundenen Peptide mittels Massenspektrometrie ermöglicht die prospektive Identifizierung immundominanter T-Zell-Epitope.

Ergebnisse

Wir präsentieren hier einen Vergleich dieses zellfreien in vitro Antigenverarbeitungssystems mit einem immunoinformatischen Ansatz unter Verwendung des EpiMatrix-Algorithmus. Unser Vergleich zeigt, dass der immunoinformatische Ansatz nicht nur einen ähnlichen Satz von Epitopen wie das zellfreie System identifiziert, sondern prospektiv auch mehr HLADRB1*0101-Epitope identifiziert und gleichzeitig mehrere HLA-Allele analysieren kann. Schlussfolgerungen Obwohl das zellfreie System Antigenverarbeitung und MHC-Bindung beinhaltet, identifiziert der immunoinformatische Ansatz viele validierte Epitope mit einem sehr hohen Grad an Genauigkeit und kann viel schneller und mit weitaus weniger Ressourcen durchgeführt werden.