Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Eine Trennstrategie mittels Freiflusselektrophorese zur Trennung hochgradig vorhandener Phycobilisomen aus Cyanobacterium Nostoc punctiforme PCC 73102

Nishikant V Wase, Saw Yen Ow, Malinda Salim, Mikkel Nissum, Mike Whalley und Phillip C Wright

Im Allgemeinen weist die Proteomikanalyse von Cyanobakterien aufgrund der großen Menge an Proteinen eine begrenzte dynamische Auflösung auf. Daher ist die proteomische Bewertung der Proteine ​​mit geringer Häufigkeit in Cyanobakterien schwierig, da diese aus Phycobilisom und Rubisco bestehen. Die vorliegende Untersuchung beurteilt die Leistung von FFE im isoelektrischen Fokussierungsmodus (IEF): eine lösungsbasierte Technik, die Proteine ​​auf der Grundlage des isoelektrischen Punkts (pI) trennt. Wir untersuchen die Vorteile der Kombination aus robuster Proteinfraktionierung mittels FFE und 1D-LC-MS/MS, um die Proteinidentifizierung tiefer durch den dynamischen Bereich des Modell-Cyanobacteriums Nostoc punctiforme PCC 73102 auszudehnen. Im Vergleich zu allen vorherigen Berichten wurden 61 neuartige Proteine ​​(von 248 (alle mit ≥ 2 Peptiden identifiziert)) erfolgreich mittels FFE-IEF identifiziert. Die Ergebnisse zeigen, dass FFE eine verbesserte Proteinverteilung ermöglicht und gleichzeitig eine wirksame Trennung sehr häufiger Phycobilisomen ermöglicht, um den Zugriff auf 37 Proteine ​​mit geringer Häufigkeit (pI > 9) im Proteom von N. punctiforme zu ermöglichen, die mit herkömmlichen Methoden nur schwer zu beobachten sind.