Immunomforschung
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Abstrakt

Ein neues Paradigma für die Zell- und Molekülinteraktionsontologie: vom CMM-Modell zur IMGT-ONTOLOGIE

Marie-Paule Lefranc, Pier-Luigi Lollini, Santo Motta

Hintergrund: Die Biologie bewegt sich schnell in Richtung des positiven Kreislaufs anderer Disziplinen: von Daten zur quantitativen Modellierung und zurück zu Daten. Modelle werden normalerweise von Mathematikern, Physikern und Informatikern entwickelt, um qualitatives oder halbquantitatives biologisches Wissen in einen quantitativen Ansatz zu übersetzen. Um semantische Verwirrungen zwischen der Biologie und anderen Disziplinen zu vermeiden, ist es notwendig, eine Liste der wichtigsten und am häufigsten verwendeten Konzepte in zusammenhängender Definition zu haben. Ergebnisse: Wir schlagen ein neuartiges Paradigma zur Generierung neuer Konzepte für eine Ontologie vor, das von einem Modell ausgeht, anstatt eine Datenbank zu entwickeln. Wir wenden diesen Ansatz an, um Konzepte für die Interaktion zwischen Zellen und Molekülen zu generieren, ausgehend von einem agentenbasierten Modell. Diese Bemühung bietet eine solide Infrastruktur, die nützlich ist, um die semantischen Mehrdeutigkeiten zu überwinden, die zwischen Biologen und Mathematikern, Physikern und Informatikern entstehen, wenn sie in einem multidisziplinären Bereich interagieren. Schlussfolgerungen: Diese Arbeit stellt den ersten Versuch dar, Molekülontologie mit Zellontologie zu verknüpfen, und zwar in der IMGTONTOLOGIE, der etablierten Ontologie in der Immungenetik und Immunoinformatik und einem Paradigma für die Biowissenschaften. Mit der zunehmenden Verwendung von Modellen in Biologie und Medizin wird die Notwendigkeit, verschiedene Ebenen, von Molekülen über Zellen bis hin zu Geweben und Organen, zu verknüpfen, immer wichtiger.