Chemotherapie: Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Eine neuartige Strategie zur Identifizierung von mRNA 3'-UTR- und mRNA-Level-Unterschieden bei Morbus Crohn

Tuo Hu, Hua-shan Liu, Chi Zhou, Xian-rui Wu, Yu-feng Chen, Xuan-hui Liu, Xiao-wen He, Yi-feng Zou, Xiao-sheng He, Xiao-jian Wu, Ping Lan und Jia Ke

Zusammenfassung, Hintergrund und Ziele: Morbus Crohn (MC) ist eine chronische und refraktäre entzündliche Darmerkrankung. Die 3'-nicht-translatierte Region (3'-UTR) des mRNA-Transkripts kann ihren eigenen Translationsprozess posttranskriptionell regulieren und ihre Rolle bei CD ist unklar. Ziel dieser Studie war es, die kritischen Gene zu identifizieren, die den CD-Phänotyp über die Regulierung der mRNA-3'-UTR beeinflussen. Methoden: Das Isoform Structural Change Model (IsoSCM) wurde verwendet, um die Länge der 3'-UTR des gesamten Transkriptoms aus einer auf RNA-Sequenz basierenden Online-CD-Datenbank zu ermitteln. Korrelationen zwischen dem 3'-UTR-Längenstatus und dem mRNA-Niveau wurden mithilfe von Spearman-Koeffizienten analysiert. Die Liste der korrelierten Gene wurde mit der veröffentlichten Liste kritischer CD-bezogener Gene überlappt. Es wurden univariate und multivariate Analysen durchgeführt, um die mit dem CD-Phänotyp verbundenen Gene zu identifizieren. Ergebnisse: Im Vergleich zur normalen Kontrolle war bei CD-Patienten die 3'-UTR von 34192 Genen verkürzt und 57389 von 432784 Genen verlängert. Die 3'-UTR-Änderungen von 255 Genen korrelierten signifikant mit ihrem mRNA-Level. Darüber hinaus wurden 8 überlappende Gene von über 255 korrelierten Genen und einer bekannten CD-bezogenen Genliste (ABCB1, FAF1, TUT2, IL27, JAK2, LTB, NAGLU und PTPN2) gemeinsam genutzt. Der mRNA-Level von ABCB1 und JAK2 und die verkürzte 3'-UTR-Länge des JAK2-Transkripts korrelierten durch univariate und multivariate Analyse mit tiefen Geschwüren bei CD-Patienten. Schlussfolgerungen: Es wurde bestätigt, dass die 3'-UTR-Änderungen von CD-bezogenen Genen mit dem Phänotyp von CD zusammenhängen. Unsere Erkenntnisse könnten weitere Einblicke in die epigenetischen Mechanismen und therapeutischen Strategien für CD liefern.