Immuntherapie:Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Eine Perspektive auf das Genexpressionsprofil von Matrix-Metalloproteasen ( MMP ), auf Grundlage von Pan-Cancer-Transkriptom- und Einzelzelldaten

Jinxiang Tan*, Yidan Gao, Zhao Li, Yuanyuan Wang, Linbang Wang

Hintergrund: MMPs sind eine Gruppe von Familiengenen, die mit der Krebsentwicklung in Zusammenhang stehen. Die Hochregulierung der meisten MMP-Gene bei Krebserkrankungen wird mit der Förderung von Invasion, Angiogenese und der Vermeidung der Immunüberwachung in Zusammenhang gebracht. Die Expressionsmuster aller MMPs auf Transkriptomebene und Einzelzellebene in einer pan-krebsbezogenen Perspektive wurden jedoch nicht untersucht.

Methoden: Es wurden sowohl das Transkriptom des Cancer Genome Atlas (TCGA) als auch Einzelzellsequenzierungsdaten aller Krebsarten von GEO (Gene Expression Omnibus) verwendet. Das MMP-basierte Diagnosemodell wurde mithilfe der LASSO-Regressionsanalyse erstellt. Tumore wurden mithilfe von ssGSEA in Gruppen mit hohem und niedrigem MMP- Score eingeteilt. Einzelzelldaten wurden mithilfe des Serat-Pakets analysiert. Die Expressionsmerkmale der MMPs wurden mithilfe von qRT-PCR validiert.

Ergebnisse: MMP1 , MMP11 und MMP12 waren bei fast allen Krebsarten hochreguliert. MMP19 und MMP27 sind bei acht bis neun Krebsarten deutlich herunterreguliert. Korrelationsanalysen ergaben einen möglichen Zusammenhang zwischen MMP -Expression und Tumorimmunität sowie Tumorstammzellen. Immunzellen, darunter Makrophagen, Typ-II-IFN-Antwort und Treg, waren wie erwartet in der Gruppe mit niedrigem MMP -Score stark infiltriert, zu den Funktionen gehörten der Hippo-Signalweg, die positive Regulierung der Leukozytenadhäsion an vaskuläre Endothelzellen und T-Zell-Chemotherapien, die in der Gruppe mit hohem MMP-Score aktiver waren. Einzelzellanalysen offenbarten verschiedene MMP- Expressionsmuster in unterschiedlichen Zellclustern. Dabei wurde festgestellt, dass MMP7 in den Makrophagen stark und MMP2 in den CD8 ⁺ -T-Zellen stark exprimiert wird .

Schlussfolgerung: Bei den meisten MMPs ist die Expression bei verschiedenen Krebsarten erhöht. In Kombination zeigten MMPs einen potenziellen diagnostischen Wert.