Zeitschrift für klinische und zelluläre Immunologie
Offener Zugang

Abstrakt

Eine phylogenomische Analyse des HIV-Übertragungsmusters unter Hochrisikogruppen im Nordwesten Indiens

Chandar Kanta Chauhan, PVM Lakshmi1, Phulen Sarma, Vivek Sagar, Aman Sharma, Sunil K.Arora, Rajesh Kumar*

Hintergrund: Molekulare Techniken können die Aussagekraft epidemiologischer Untersuchungen zur Verfolgung von HIV-Übertragungsnetzwerken verbessern. Diese Informationen könnten für die Entwicklung von Strategien zur Prävention der HIV-Übertragung nützlich sein. Daher haben wir mithilfe phylogenomischer Methoden eine Studie über die Übertragungsmuster neu diagnostizierter HIV-Fälle in Hochrisikogruppen (HRGs) im Nordwesten Indiens durchgeführt.

Methoden: Die phylogenomische Analyse wurde an 37 zufällig ausgewählten Proben kürzlich infizierter HRGs durchgeführt, die mithilfe des Recent Infections Testing Algorithm (RITA) unter Verwendung des Limiting Antigen Avidity Assay identifiziert wurden. Die Reverse-Transkriptase-Region des Pol-Gens (540 Basenpaare) wurde amplifiziert und sequenziert. Referenzsequenzen wurden aus der HIV Los Alamos-Datenbank extrahiert. Sequenzen, die nach Clustal W und HIV-1-Subtyp ausgerichtet waren, wurden auf der Grundlage der phylogenomischen Analyse der Pol-Sequenz bestimmt. Phylogenetische Bäume wurden mithilfe von MEGA (Version 11.0) erstellt.

Ergebnisse: Die Phylogenese zeigt deutlich, dass die Studienisolate RTFSWCHD und RTFSWPB007 mit den indischen Referenzsequenzen AY746371 und EU683781 und einer nepalesischen Sequenz KX430115 gruppiert sind und mit ihnen verwandt sind. Die anderen Studienisolate (RTFSWCHD001, RTFSWPB005, RTFSWCHD002, RTFSWPB006, RTFSWHR008, RTFSWHR009) gruppierten sich eindeutig untereinander, ohne jegliche Verknüpfung mit anderen Referenzen. Ein Studienisolat (RTFSWHP004) gruppierte sich eng mit dem simbabwischen Isolat AY998351. Die Phylogenese zeigt, dass die Studie MSMCHD005-Kladen getrennt von den indischen Referenzen (DQ838761, EU683781 und AY746371) isoliert, aber auch sehr eng mit den Referenzen aus China (HG421606, JQ658754), Nepal (JN023039) und Myanmar (N223216, JN223183, KC913773) verwandt ist. Andere Studienisolate (MSMCHD003, MSMHP007, MSMCHD004, MSMPB001, MSMPB002 und MSMHR006) sind stark miteinander verwandt und bilden zusammen eine separate, einzigartige Klade. Der Evolutionsbaum zeigt, dass alle Sequenzen aus der aktuellen Studie eine monophyletische Linie bildeten, d. h. Sequenzen aus Indien gruppierten sich stärker als Sequenzen aus irgendeinem anderen Land. Die untersuchten Sequenzen zeigten nur Verwandtschaft mit den nepalesischen Referenzen KX430115 und JN023035. Die südafrikanischen, britischen, norwegischen, chinesischen und myanmarischen Referenzen sind in einer separaten Klade zusammengefasst.

Schlussfolgerung: Molekularepidemiologische Methoden konnten Übertragungsnetzwerke aufdecken; daher können phylogenomische Methoden bei der HIV-Sentinel-Überwachung zur Überwachung von Übertragungsnetzwerken eingesetzt werden.