Journal of Theoretical & Computational Science
Offener Zugang

Abstrakt

Eine Untersuchung zur Vorhersage des B-Faktors auf der Grundlage der Proteinsequenz

Runyu Jing, Yuelong Wang, Yiming Wu, Yongpan Hua, Xu Dai1 und Menglong Li

Der B-Faktor, auch Debye-Waller-Faktor oder Temperaturfaktor genannt, ist ein Deskriptor für die Flexibilität von Proteinen und wird häufig in Dateien im PDB-Format (Protein Data Bank) verwendet. Ein B-Faktor kann anhand von Röntgenstreuung in einem Proteinkristall gemessen werden, lässt sich jedoch nicht direkt aus der Proteinsequenz ableiten. Die Vorhersage des B-Faktors allein auf Grundlage der Proteinsequenz könnte daher den entsprechenden Forschern einige Referenzen liefern. In dieser Studie versuchen wir, den B-Faktor auf Grundlage der Proteinsequenz vorherzusagen. Die Informationen im AAindex und die vorhergesagte Sekundärstruktur des Proteins, die relative Zugänglichkeit, die Unordnung und die Energieänderungen werden verwendet, um die Aminosäurereste zu beschreiben. Zur Modellierung und Vorhersage werden vier Methoden des maschinellen Lernens verwendet. Die 5-fache Kreuzvalidierung wird verwendet, um die Modellierungsleistung zu bewerten. Als Ergebnis lieferte diese Arbeit einige neue Methoden zur Vorhersage und Analyse des B-Faktors auf Grundlage der Proteinsequenz und wir hoffen, dass diese Arbeit für die entsprechenden Forschungen hilfreich sein kann.