Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Eine effektive Methode zur Analyse des menschlichen Plasmaproteoms mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese

Yasmin Ahmad und Narendra Sharma

Die Proteomanalyse von Plasma führt zunehmend zur Entdeckung von Biomarkern für menschliche Krankheiten. Die hohen Proteinmengen sowie der Salz- und Lipidüberschuss im Plasma machen die Analyse jedoch sehr anspruchsvoll. Daher ist es notwendig, die Probenvorbereitungsverfahren vor/nach der zweidimensionalen Gelelektrophoreseanalyse von Plasmaproteinen zu verbessern. Das Ziel dieser Studie war die Entwicklung einer reproduzierbaren Methode durch Untersuchung der folgenden Parameter: (1) Erschöpfung der hochgradig vorhandenen Proteine ​​(2) Wirkung verschiedener Fällungsmethoden (3) Vergleich des optimierten Rehydratationspuffers unter Verwendung der modifizierten Taguchi-Methode mit dem Standard-Rehydratationspuffer und (4) Vergleich der Wirkungen verschiedener Färbemethoden. Unsere Ergebnisse zeigten, dass die Erschöpfung von zwei hochgradig vorhandenen Proteinen die Visualisierung weniger häufig vorhandener Proteine ​​im menschlichen Plasma verbesserte und die Fällung mit TCA/Aceton zu einer effizienten Probenkonzentration und Entsalzung führte. Wir fanden heraus, dass die Verwendung eines optimierten Rehydratationspuffers im Vergleich zum Standard-Rehydratationspuffer die Proteinlöslichkeit erhöhte und die Auflösung und Reproduzierbarkeit von 2D-Gelen verbesserte. Wir haben auch festgestellt, dass die Visualisierung von 2D-Gelprofilen durch Silberfärbung und Fluoreszenzfärbung die Erkennung von Plasmaproteinen mit geringer Häufigkeit im Vergleich zur Coomassie-Färbung verbessert. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die optimierten Bedingungen in unserer Studie angewendet werden können, um ein besseres Referenz-2-DE-Gel von Plasmaproben für die Identifizierung neuer Krankheitsmarker zu erzeugen .