Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Ein Einblick in strukturelle und funktionelle Eigenschaften der Farnesyltransferase (PfFT) 3d7 aus Plasmodium falciparum: Vergleichende Modellierung und Dockingstudien

Pradeep Kumar M, Kranthi Raj.K, D. Ramachandran, Pavan Kumar MNS, Radha Vaddavalli und P. Jhansi Lakshmi

Es wurde ein dreidimensionales Modell für die Farnesyltransferase (PfFT) von Plasmodium falciparum entwickelt, das nicht empirisch durch Röntgenkristallographie oder NMR gelöst werden konnte. Zur Strukturvorhersage wurde Homologiemodellierung verwendet, wobei die Farnesyltransferaseproteine ​​2ZIR 2,4 Å (Ratte) und 1JCQ 2,3 Å (Mensch) mit mittelauflösenden Röntgenkristallographiestrukturen verwendet wurden. Erstere zeigte 36 % und letztere 35 % Sequenzidentität mit dem Zielprotein PfFT. Das 3D-Modell wurde mithilfe des Modelers in Discovery Studio 2.5 erstellt. Die Energieverfeinerung wurde ebenfalls im Modeler-Protokoll durchgeführt. Die Validierungsstudie zeigte, dass 88,2 % der Reste (750) in der günstigen Region liegen. Zusätzlich wurden die Bindungsaffinitäten einiger Inhibitoren gegenüber dem modellierten Protein mithilfe von GOLD untersucht. Die Ergebnisse zeigten, dass Arg-551, Tyr-824 und Tyr-600 zu den Resten gehören, mit denen PfFT mit vielen der Inhibitoren interagiert. Unsere Erkenntnisse könnten bei der Entwicklung neuer und wirksamerer PfFT-Inhibitoren hilfreich sein.