Immunomforschung
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Abstrakt

Eine Ontologie für Immunepitope: Anwendung zur Entwicklung einer breit angelegten Datenbank für Immunreaktivitäten

Muthuraman Sathiamurthy, Bjoern Peters, Huynh-Hoa Bui, John Sidney, John Mokili, Stephen S. Wilson, Ward Fleri, Deborah L. McGuinness, Philip E. Bourne und

Epitope können als von spezifischen Rezeptoren gebundene Molekülstrukturen definiert werden, die bei Immunreaktionen erkannt werden. Das Projekt Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) katalogisiert und organisiert Informationen zu Antikörper- und T-Zell-Epitopen von infektiösen Pathogenen, experimentellen Antigenen und Selbstantigenen, mit Schwerpunkt auf Pathogenen der NIAID-Kategorie AC (http://www2.niaid.nih.gov/Biodefense/bandc_priority.htm) sowie neu auftretenden/wieder auftretenden Infektionskrankheiten. Katalogisiert werden sowohl intrinsische strukturelle und phylogenetische Merkmale als auch Informationen zu den Interaktionen der Epitope mit dem Immunsystem des Wirts. Beschreibung: Um die Informationen zu Immun-Epitopen effektiv darzustellen und zu kommunizieren, wurde eine formale Ontologie entwickelt. Die Semantik der Epitopdomäne und verwandter Konzepte wurde als Klassenhierarchie erfasst, die die allgemeinen und speziellen Beziehungen zwischen den verschiedenen Konzepten darstellen. Eine vollständige Auflistung der Klassen und ihrer Eigenschaften finden Sie unter http://www.immuneepitope.org/ontology/index.html. Fazit: Die Ontologie der IEDB ist die erste Ontologie, die speziell dafür entwickelt wurde, sowohl intrinsische chemische und biochemische Informationen zu Immunepitopen als auch Informationen zur Interaktion dieser Strukturen mit Molekülen aus dem Immunsystem des Wirts zu erfassen. Wir gehen davon aus, dass die Entwicklung dieser Art von Ontologie und zugehöriger Datenbanken eine genaue Beschreibung von Daten zu Immunepitopen erleichtern und letztendlich zu völlig neuen Methoden zur Beschreibung und Modellierung von Immunreaktionen führen könnte.