Immunomforschung
Offener Zugang
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Christopher P. Toseland, Debra J. Clayton, Helen McSparron, Shelley L. Hemsley, Martin J. Blythe, Kelly Paine, Irini A. Doytchinova, Pingping Guan, Channa K. Hattotuwagama und Darren R. Flower
AntiJen ist ein Datenbanksystem, das sich auf die Integration kinetischer, thermodynamischer, funktioneller und zellulärer Daten im Kontext der Immunologie und Vakzinologie konzentriert. Im Vergleich zu seinem Vorgänger JenPep wurde die Schnittstelle vollständig neu geschrieben und neu gestaltet und bietet nun eine größere Vielfalt an Suchmethoden, darunter eine Nukleotid- und eine Peptid-BLAST-Suche. In Bezug auf die archivierten Daten verfügt AntiJen über eine reichhaltigere und vollständigere Breite, Tiefe und Reichweite, und die Datenbank ist dadurch auf über 31.000 Einträge angewachsen. AntiJen bietet den umfassendsten und aktuellsten Datensatz seiner Art. Während AntiJen v2.0 seinen Schwerpunkt weiterhin auf T-Zell- und B-Zell-Epitopen legt, ist seine größte Neuheit die Archivierung kontinuierlicher quantitativer Daten zu einer Vielzahl immunologischer molekularer Interaktionen. Dazu gehören thermodynamische und kinetische Messungen der Peptidbindung an TAP und den Haupthistokompatibilitätskomplex (MHC), Peptid-MHC-Komplexe, die an T-Zell-Rezeptoren binden, Antikörper, die an Proteinantigene binden, und allgemeine immunologische Protein-Protein-Interaktionen. Die Datenbank enthält außerdem quantitative Spezifitätsdaten aus positionsspezifischen Peptidbibliotheken und biophysikalische Daten in Form von Diffusionskoeffizienten und Zelloberflächenkopienzahlen zu MHCs und anderen immunologischen Molekülen. AntiJen wird unter anderem für die Entwicklung von Impfstoffen und Diagnostika wie Tetrameren und anderen Laborreagenzien verwendet und hilft bei der Parametrisierung der bioinformatischen oder mathematischen In-silico-Modellierung des Immunsystems. Die Datenbank ist über die URL http://www.jenner.ac.uk/antijen zugänglich.