Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Automatisierte Berechnung einzigartiger Peptidsequenzen zur eindeutigen Identifizierung hochhomologer Proteine ​​mittels Massenspektrometrie

Michael Kohl, Gorden Redlich, Martin Eisenacher, Anke Schnabel, Helmut E. Meyer, Katrin Marcus und Christian Stephan

In herkömmlichen Proteomik- Ansätzen werden Proteasen verwendet, um das Proteom in eine Reihe von Peptiden zu zerlegen. Leider ist die Bestimmung von Proteinen auf der Grundlage von Peptiden mit einer gewissen Unsicherheit verbunden, da ein Peptid Teil verschiedener Proteine ​​sein kann. Daher ist die gezielte Erkennung einzigartiger Peptide bestimmter Proteine ​​eine vielversprechende Aufgabe für eine eindeutige Identifizierung eines bestimmten Proteins. Hier präsentieren wir eine Softwarelösung, die eine hocheffiziente und einfache Erkennung solcher einzigartiger Peptide ermöglicht. In einem ersten Schritt wird durch Auswahl einer Protease eine SQL-basierte Datenbank theoretisch verdauter Peptide aus einer vorgegebenen Proteindatenbank im FASTA-Dateiformat generiert . In einem zweiten Schritt werden in silico generierte Peptide aus einer vordefinierten Proteinsequenz mit dieser Peptiddatenbank verglichen, um einzigartige Peptide zu identifizieren. Mögliche Anwendungen sind unter anderem die Identifizierung von Proteinen, wenn nur spärliche Peptidinformationen verfügbar sind, oder fortgeschrittene Proteomik-Techniken, die Informationen über die Einzigartigkeit von Peptiden erfordern, wie z. B. Multiple Reaction Monitoring (MRM).