Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Pufferoptimierung für das Cynodon dactylon Proteom

Muhammad Tahir und Samina Noor Shakeel

Die zweidimensionale (2D) Gelelektrophorese ist eine leistungsfähige Technik zur Analyse der differentiellen Proteinexpression. Die hochauflösende zweidimensionale Elektrophorese ist noch immer die am häufigsten angewandte Trenntechnik in der Proteomik. Eine erfolgreiche 2D-Gelelektrophorese hängt von den richtigen optimierten Bedingungen ab, vor allem von einem optimierten Puffer. In dieser Studie haben wir verschiedene Faktoren untersucht, die sich auf die Ergebnisse des 2D-Gels auswirken, darunter Rehydratationszeit, Reduktionsmittel, chaotrope Mittel und Detergenzien. Als Versuchspflanze haben wir Cynodon dactylon gewählt . Proteine ​​wurden extrahiert und gereinigt. Zur richtigen Solubilisierung der Proteinprobe wurden verschiedene Rehydratationspuffer mit einem pH-Wert von 3–10 verwendet, die unterschiedliche Mengen chaotroper Mittel wie Harnstoff und Thioharnstoff, Detergenzien (NP-40, Triton X-100 und CHAPS) und Reduktionsmittel (β-Merceptoethanol und DTT) enthielten. Um das Proteinprofil auf dem 2D-Gel weiter zu verbessern, wurden solubilisierte Proteine ​​erneut extrahiert, gewaschen und in einem frischen Rehydratationspuffer erneut solubilisiert. Unser modifiziertes Protokoll zeigte eine deutliche Steigerung der Proteinlöslichkeit und eine Verbesserung des Protein-2D-Gelprofils für das C. dactylon-Proteom. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass wir die Bedingungen für die C. dactylon-Proteomanalyse mittels 2D-Gelelektrophorese erfolgreich optimiert haben. Diese optimierten Bedingungen werden die Grundlage für weitere tiefgreifende Studien auf dem Gebiet der Proteomik bilden .