Klinische und experimentelle Kardiologie
Offener Zugang
ISSN: 2155-9880
ISSN: 2155-9880
John F. Carlquist, Jason T. McKinney, Benjamin D. Horne, Nicola J. Camp, Lisa Cannon-Albright, Joseph B. Muhlestein, Paul Hopkins, Jessica L. Clarke, Chrissa P. Mower, James J. Park, Zachary P. Nicholas, John A. Huntinghouse und Jeffrey L. Anderson
Hintergrund: Gesamtcholesterin gehörte zu den am frühesten identifizierten Risikofaktoren für koronare Herzkrankheiten (KHK). Wir wollten genetische Varianten in sechs Genen identifizieren, die mit dem Fettstoffwechsel in Zusammenhang stehen, und ihren jeweiligen Beitrag zum KHK-Risiko abschätzen.
Methoden: Für 6 Lipid-assoziierte Gene (LCAT, CETP, LIPC, LPL, SCARB1 und ApoF) haben wir Exons, 5'- und 3'-untranslatierte Regionen sowie Donor- und Akzeptor-Spleißstellen mithilfe der Hi-Res Melting®-Kurvenanalyse (HRMCA) mit Bestätigung durch Zyklussequenzierung auf Varianten untersucht. Gesunde Probanden wurden für die SNP-Erkennung (n=64), die Haplotypbestimmung/Markierung der SNP-Erkennung (n=339) und den Lipid-Assoziationstest (n=786) verwendet.
Ergebnisse: In 17.840 Basen der abgefragten Sequenz wurden 90 Varianten-SNPs identifiziert; 19 (21,1 %) waren zuvor nicht gemeldet. 34 Varianten (37,8 %) waren exonisch (16 nicht synonym), 28 (31,1 %) in Intron-Exon-Grenzen und 28 (31,1 %) in den 5'- und 3'-nicht-translatierten Regionen. Im Vergleich zur Zyklussequenzierung hatte HRMCA eine Sensitivität von 99,4 % und eine Spezifität von 97,7 %. Das Markieren von SNPs (n = 38) erklärte >90 % der Variation in den 6 Genen und identifizierte Kopplungsungleichgewichtsgruppen (LD). Es wurden signifikant vorteilhafte Lipidprofile für die CETP-LD-Gruppe 2, die LIPC-LD-Gruppen 1 und 7 und die SCARB1-LD-Gruppen 1, 3 und 4 beobachtet. Die Risikoprofile verschlechterten sich für die CETP-LD-Gruppe 3 und die LPL-LD-Gruppe 4.
Schlussfolgerungen: Diese Ergebnisse zeigen die Durchführbarkeit, Sensitivität und Spezifität von HRMCA für die SNP-Erkennung. In diesen Genen identifizierte Varianten können zur Vorhersage des lipidassoziierten Risikos und zur Neuklassifizierung des klinischen KHK-Risikos verwendet werden.