Zeitschrift für klinische und zelluläre Immunologie
Offener Zugang

Abstrakt

Vergleichende Analysen von HLA-Typisierungstechnologien mit niedriger, mittlerer und hoher Auflösung für menschliche Populationen

Malali Gowda, Sheetal Ambardar, Nutan Dighe, Ashwini Manjunath, Chandana Shankaralingu, Pradeep Hirannaiah, John Harting, Swati Ranade, Latha Jagannathan und Sudhir Krishna

Die für das humane Leukozytenantigen (HLA) kodierenden Gene sind Teil des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MHC) auf dem menschlichen Chromosom 6. Diese Region ist eine der polymorphsten Regionen im menschlichen Genom. Vorkenntnisse zu HLA-Allelpolymorphismen sind klinisch wichtig, um bei Organ-/Gewebetransplantationen Spender und Empfänger zusammenzubringen. HLA-Allelinformationen sind auch hilfreich bei der Vorhersage von Immunreaktionen auf verschiedene Infektionskrankheiten, genetische Störungen und Autoimmunerkrankungen. In Indien leben über eine Milliarde Menschen, und die HLA-Allelvielfalt seiner Bevölkerung ist unerschlossen. In dieser Studie haben wir drei HLA-Typisierungsmethoden für die Bevölkerung Südindiens untersucht und verglichen und dabei die Plattformen Sequenzspezifische Primer (SSP), NGS (Roche/454) und Einzelmolekülsequenzierung (PacBio RS II) verwendet. Über 1020 DNA-Proben wurden mithilfe der SSP-Methode bei niedriger Auflösung typisiert, um die wichtigsten HLA-Allele innerhalb der südindischen Bevölkerung zu bestimmen. Diese Studien wurden mit einer HLA-Typisierung mit mittlerer Auflösung von 80 Proben basierend auf Exonsequenzen auf dem Roche/454-Sequenzierungssystem und einer hochauflösenden (6–8-stelligen) Typisierung von 8 Proben für HLA-Allele von Genen der Klasse I (HLA-A, B und C) und Genen der Klasse II (HLA-DRB1 und DQB1) unter Verwendung der PacBio RS II-Plattform weitergeführt. Die langen Reads, die von der SMRT-Technologie geliefert wurden, umfassten die vollständigen Gene/Allele der Klasse I und II in zusammenhängenden Reads, einschließlich nicht-übersetzter Regionen, Exons und Introns, die phasenweise SNP-Informationen lieferten. Wir haben drei neue Allele aus den PacBio-Daten identifiziert, die durch Roche 454-Sequenzierung verifiziert wurden. Dies ist die erste Fallstudie zur HLA-Typisierung unter Verwendung von NGS-Technologien der zweiten und dritten Generation für eine indische Bevölkerung. Die PacBio-Plattform ist eine vielversprechende Plattform für die HLA-Typisierung im großen Maßstab zum Aufbau einer HLA-Datenbank für die unerschlossenen ethnischen Bevölkerungsgruppen Indiens.