Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik

Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

ISSN: 0974-276X

Abstrakt

Vergleichende Analyse der nicht-synonymen und synonymen Substitution von Kapsidproteinen des humanen Herpesvirus

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey und Amarpal Singh

Der Unterschied zwischen nicht-synonymen (dN) und synonymen (dS) Änderungen zwischen Sequenzen wird berechnet, um die Evolutionsrichtung zu bestimmen. In diesem Artikel vergleichen wir eng verwandte Stämme von HHV -Arten Codon für Codon mithilfe einer Maximum-Likelihood-Analyse und der Divergenzzeit der beiden Sequenzen. Wir zeigen, dass ein Substitutionsmodell beim Vergleich eng verwandter Arten eine Evolutionshypothese liefert. Die Auswirkung des Transition/Transversion-Verhältnisses und des exakten Fischer-Tests auf dN-dS (p-Distanz) und die mit diesen Konzepten für HHV verbundenen Probleme werden ebenfalls diskutiert. Wir haben Methoden auf die Sequenz des Kapsidproteins von HHV-1 und HHV-2 angewendet, um detaillierte Analysen der Kapsidstrukturen zu erhalten, die den besten Beweis für eine Evolution liefern. Wir schlussfolgern, dass Substitutionsmodelle, dN-dS, Divergenzzeit und Transition/Transversion eine entscheidende Rolle bei der Erforschung der Evolution spielen .

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