Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Vergleichende In-silico-Analyse der partiellen Gensequenz des Hüllproteins des Zucchini-Gelbmosaikvirus, das einen aus Indien isolierten Sommerkürbis (Cucurbita pepo L.) infiziert

Sharma Neha, Bhardwaj Satya Vrat, Jarial Kumud, Thakur PD, Kaur Rajinder und Handa Anil

Das Zucchinigelbmosaikvirus (ZYMV; Familie: Potyviridae, Gattung: Potyvirus) ist ein gefährlicher Virus, der Sommerkürbisse befällt und sowohl an Nutzpflanzen als auch an Zierkürbisgewächsen schwere Schäden verursacht. In der vorliegenden Studie wurde eine molekulare Charakterisierung des ZYMV (auf genomischer und proteomischer Ebene), das Sommerkürbisse befällt, durchgeführt und cDNA von etwa 700 bp amplifiziert. Das PCR-amplifizierte Produkt wurde weiter sequenziert und analysiert. Die Sequenz des partiellen Hüllproteins von 154 Nukleotiden des indischen Isolats des Zucchinigelbmosaikvirus (ZYMV) wurde bestimmt und in Proteine ​​übersetzt. Später wurde die Sequenz an NCBI übermittelt und erhielt die Zugangsnummer GU144796 mit der Protein-ID ACZ36948. In der BLASTN-Analyse zeigte die Nukleotid-Testsequenz eine 91-prozentige Homologie mit D13914 (Sequenz aus den USA), während die Protein-Testsequenz in der BLASTP-Analyse eine 75,9-prozentige Homologie mit einer Reihe in der Datenbank vorhandener Proteinsequenzen aufwies. Der Ausrichtungswert der Test-Sequenz mit 67 anderen ZYMV-Isolaten, die aus der NCBI-Datenbank abgerufen wurden, war unter verschiedenen Ländern für die USA am höchsten und für China im Fall von Nukleotiden und für Korea im Fall von Proteinen am niedrigsten. Die phylogenetische Analyse ergab Ähnlichkeit der Testvirussequenz mit einem ZYMV CP aus den USA (D13914) und Ähnlichkeit der partiellen Polyproteinsequenz mit der aus Japan (BAE75935). Es wurde festgestellt, dass die konservierte Domäne des Testvirus Homologie mit der Ausrichtungssammlung der Hüllproteindomänen des Potyvirus (pfam00767) aufweist. Eine rechnergestützte Restriktionsverdauung ergab, dass 22 verschiedene Restriktionsenzyme das vorliegende ZYMV-Isolat restriktiv gestalten. Es wurden Sekundärstrukturen für das Polyprotein des Testvirus vorhergesagt, die auf eine Dominanz der Alpha(a)-Helix in der Proteinsequenz schließen ließen.