Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Vergleichende Netzwerkanalyse von zweikomponentigen signalübertragenden Protein-Protein-Interaktionen in Enterococcus faecalis Sp.

Ranjith N. Kumavath und Pratap D

Hintergrund: Die Netzwerkanalyse von Protein-Protein-Interaktionen
von Enterococcus faecalis sp. in einem vergleichenden Ansatz hilft bei der Analyse von Genfunktionen, potenzieller Signalübertragung und Virulenzwegen. Unsere Forschung beleuchtet die vergleichende Netzwerkanalyse von zwei Komponenten signalübertragenden Protein-Protein-Interaktionen in zehn verschiedenen Enterococcus faecalis-Stämmen auf der Grundlage von Proteininteraktionsvorhersageanalysen und Wirt-Pathogen-Interaktionsanalysen unter Verwendung von STRING- und HPIDB-Datenbanken. Etwa 30–40 Proteine ​​sind am Zweikomponentensystem von Enterococcus faecalis beteiligt.

Ergebnisse: Die Netzwerkparameter der Protein-Protein-Interaktionen wurden berechnet. Der topologische Koeffizient fast aller Stämme des Enterococcus faecalis-Netzwerks folgte perfekt einer Potenzgesetzverteilung (Korrelation) 1.000; R-Quadrat) 1.000 und stellte die beste Anpassung dar. Wir haben einen Proteinregulator (EF_3329) für die DNA-Bindungsreaktion herausgefunden, der mit Ausnahme der X86-Stämme von Enterococcus faecalis nicht am gesamten Proteininteraktionsnetzwerk teilnimmt. Wir haben ein Unternetzwerk entdeckt, das mit Ausnahme von Enterococcus faecalis D6 überhaupt keine Interaktionen mit dem Hauptnetzwerk aufweist.

Schlussfolgerungen: Dies ist eine neuartige Vergleichsstudie zum Zweikomponentensystem von Enterococcus faecalis, die
eine nützliche Ressource für die weitere Analyse von Proteininteraktionen bei Zweikomponenten-Signalübertragungen in anderen lebensbedrohlichen Krankheitserregern darstellt. Die weitere Analyse wirft Licht auf das Insilco-Inhibitor-Screening, das bei der Entwicklung neuer Medikamente hilft.