Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Vergleichende Sequenzanalyse verschiedener Stämme des Schweineinfluenzavirus Subtyp H1N1 auf Neuraminidase und Hämagglutinin

Deepak Kumar Sharma, Anil Kumar Rawat, Shipra Srivastava, Rajeev Srivastava und Ajay Kumar

Die Schweinegrippe ist eine Infektionskrankheit, die sowohl Schweine als auch Menschen befällt und bei beiden zu zahlreichen Todesfällen führt. Ziel dieser Studie war es, die Mutationsmöglichkeit des Schweineinfluenzavirus-Subtyps A/Swine/Nebraska/(H1N1) von Schweinen aus Nebraska zu analysieren. Die H1N1-Aminosäuresequenzen von Neuraminidase (GenBank-Zugangsnummer: ABR28650) und Hämagglutinin (GenBank-Zugangsnummer: ABR28647) wurden mit den Programmen BLASTP und ClustalW auf Mutationen untersucht. Unsere In-silico-Analyse sagte voraus, dass Hämagglutinin und Neuraminidase des Schweineinfluenzavirus empfindlich auf Mutationen an den Positionen 225, 283 bzw. 240, 451 reagieren. Diese Mutationen waren für ihre pathogene Natur von Bedeutung, da sie mit einer Veränderung der Polarität oder Hydrophobie verbunden sind . Die Domänen- und Motivsuche zeigt, dass Mutationen in NA (T240A, G451S) und HA (I283V) an einer vorhergesagten Stelle der N-Myristoylierung nachgewiesen wurden. Die Sekundärstrukturanalyse sagte voraus, dass in HA und NA an den Positionen 225, 283 bzw. 240, 451 keine strukturellen Konformationsänderungen beobachtet wurden. Das Programm PROTMUTATION wurde in Perl CGI-Programmierung unter Verwendung des Needleman-Wunsch-Algorithmus für die globale Sequenzausrichtung entwickelt. Dieses Programm wurde verwendet, um die Mutationen zu überwachen und den Trend der Mutationen vorherzusagen.