Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Vergleichende Studie zur Effizienz dreier Protein-Ligand-Docking-Programme

Abdelouahab Chikhi und Abderrahmane Bensegueni

Strukturbasierte Ansätze zur Leitstrukturoptimierung spielen im Arzneimittelentdeckungsprozess eine immer größere Rolle . Virtuelles Screening durch molekulares Docking ist zu einem weit verbreiteten Ansatz zur Leitstrukturentdeckung in der pharmazeutischen Industrie geworden, wenn eine hochauflösende Struktur des biologischen Ziels von Interesse verfügbar ist. Die Leistung von drei Dockingprogrammen (Arguslab, Autodock und FlexX) für virtuelles Datenbankscreening wird untersucht. Autodock und FlexX sind gut etablierte kommerzielle Pakete, während Arguslab von Planaria Software kostenlos für Windows-Plattformen vertrieben wird. Es werden Vergleiche dieser Dockingprogramme und Bewertungsfunktionen anhand eines großen und vielfältigen Datensatzes pharmazeutisch interessanter Ziele und aktiver Verbindungen durchgeführt. Wir konzentrieren uns auf das Problem des Dockings und der Bewertung flexibler Verbindungen, die sterisch in der Lage sind, in eine starre Konformation des Rezeptors einzudocken. Für die Vergleichsstudie wurden die dreidimensionalen Strukturen eines sorgfältig ausgewählten Satzes von 126 pharmazeutisch relevanten Protein-Ligand-Komplexen verwendet. Es wird gezeigt, dass die Autodock-Methode durchweg bessere Anreicherungen liefert als die beiden alternativen Methoden, während FlexX Arguslab weit überlegen ist.