Zeitschrift für klinische Studien
Offener Zugang

Abstrakt

Umfassende biologische Informationsanalyse des PTEN-Gens bei Pan-Cancer

Hang Zhang†, Wenhan Zhou, Xiaoyi Yang, Shuzhan Wen, Baicheng Zhao, Jiale Feng, Bozhou Chen, Shuying Chen*

Hintergrund: PTEN war ein multifunktionales Tumorsuppressorgen, das bei einer Vielzahl von Krebsarten häufig mutiert. Seine Expression bei allen Krebsarten, korrelierte Gene, Überlebensprognose und regulatorische Wege wurden jedoch nicht vollständig beschrieben. Hier wollten wir eine umfassende Analyse aus den oben genannten Perspektiven durchführen, um Referenzen für die klinische Anwendung bereitzustellen. Methoden: Wir untersuchten die Expressionsniveaus bei Krebsarten anhand von Daten aus der TCGA- und GTEx-Datenbank. Wir erhielten ein Expressions-Boxplot aus der UALCAN-Datenbank, führten eine Mutationsanalyse auf der cBioportal-Website durch, erhielten Korrelationsgene
auf der GEPIA-Website, konstruierten ein Proteinnetzwerk und führten eine KEGG- und GO-Anreicherungsanalyse in der STRING-Datenbank durch und führten eine Prognoseanalyse auf der Kaplan-Meier-Plotter-Website durch. Wir führten auch eine Transkriptionsfaktorvorhersage in der PROMO-Datenbank und eine RNA-RNA-Assoziation/RNA-Protein-Interaktion auf dem RNAup-Webserver und RPISeq durch. Die 3D-Struktur des Gens, die Proteinsequenz und die konservierte Domäne wurden von NCBI erhalten.
Ergebnisse: PTEN wurde bei allen von uns untersuchten Krebsarten unterexprimiert. Es stand in engem Zusammenhang mit dem klinischen Stadium von Tumoren, was darauf hindeutet, dass PTEN an der Entstehung und dem Fortschreiten von Krebs beteiligt sein könnte. Mutationen von PTEN kamen bei einer Vielzahl von Krebsarten vor, bei den meisten handelte es sich um Truncation-Mutationen und Missense-Mutationen. Bei den Krebsarten (KIRC, LUAD, THYM, UCEC, Magenkrebs, Leberkrebs, Lungenkrebs, Brustkrebs) hatten Patienten mit geringer PTEN-Expression eine kürzere OS-Zeit und eine schlechtere OS-Prognose. Die geringe PTEN-Expression kann bei bestimmten Krebsarten (TGCT, UCEC, LIHC, LUAD, THCA) eine Verschlechterung des RFS verursachen, was darauf hindeutet, dass die PTEN-Expression mit der klinischen Prognose zusammenhängt. Unsere Studie identifizierte mit PTEN korrelierte Gene und führte eine GO-Anreicherungsanalyse an 100 PTEN-bezogenen Genen durch, die von der GEPIA-Website bezogen wurden. Fazit: Das Verständnis des PTEN-Gens und die eingehende Erforschung seiner zugehörigen Regulationswege können Erkenntnisse für die Entdeckung tumorspezifischer Biomarker und potenzieller klinischer Therapieziele liefern.