Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Korrelation zwischen den Saccharose-Synthase-Protein-Unterfamilien, Variationen in Struktur und Expression in stressbedingten Expressed Sequence Tag-Datensätzen

Jayashree B, R. Pradeep, Anil Kumar und B. Gopal

Saccharosesynthase ist ein wichtiges regulatorisches Protein und ein potenzieller Biomarker für die abiotische Stressreaktion bei Pflanzen. Diese Stoffwechselenzyme wurden ausführlich auf ihre vielfältigen funktionellen Rollen untersucht. Die Hochregulierung dieses Pi- und Adenylat-unabhängigen glykolytischen Enzyms in verschiedenen Umweltkontexten wurde ebenfalls ausführlich charakterisiert. Hier präsentieren wir eine Analyse der evolutionären Merkmale von Saccharosesynthasen, um Variationen in der Sequenz mit der Struktur und Funktion dieses Proteins und seiner potenziellen Bedeutung für den Stressreaktionsmechanismus bei Pflanzen zu korrelieren, wie aus Transkriptverteilungsstudien hervorgeht. Eine Analyse der evolutionären Merkmale dieses Enzyms ist angesichts der Rolle dieses Proteins bei der Zuckererkennung, dem Zuckerimport in Senkgewebe und der Pflanzenentwicklung nützlich. Basierend auf den sekundären Strukturmerkmalen von Saccharosesynthasen und der Kartierung von Sequenzvariationen im Kontext der Faltung dieser Proteine ​​stellen wir evolutionär konservierte Aminosäuren von potenzieller funktioneller Bedeutung fest. Darüber hinaus beobachten wir auch das Vorhandensein von Zielpeptiden in einigen dieser Proteine, was auf eine potenzielle zelluläre Lokalisierung hindeutet. Die in diesem Manuskript vorgestellten Ergebnisse könnten laufende Studien zu diesem Protein als potenziellem Biomarker und Kandidatengen für Umweltstress unterstützen.