Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Crosslinkomics – eine neue Ära der Kartierung von Protein-Protein-Interaktionen

Jie Luo und Jeff Ranish

Ein Hauptziel der Proteomik ist es, herauszufinden, wie Proteine ​​über Netzwerke und innerhalb von Komplexen miteinander interagieren. Die Entwicklung integrierter chemischer Vernetzungs-, Massenspektrometrie- und Computeransätze (CXMS) hat sich in jüngster Zeit als leistungsfähige Technologien zur Untersuchung von Proteininteraktionen erwiesen und hat das Potenzial, das Feld der Proteininteraktionskartierung erheblich voranzubringen. Die identifizierten vernetzten Peptide (zwei Peptide, die durch spezifische Vernetzer verbunden sind) können verwendet werden, um auf Stellen von Protein-Protein-Interaktionen zu schließen und auf der Grundlage der Eigenschaften der Vernetzer Distanzbeschränkungen für interagierende Stellen festzulegen. Aktuelle Berichte über die Kartierung von Interaktionen in großen Komplexen wie dem 15-Untereinheiten-RNA-Polymerase-II-TFIIF-Komplex [EMBO J 29, 717-726], dem 53-Untereinheiten-Ribosom [JPR, 10(8):3604-3616] und einem teilweise gereinigten Präparat der 12-Untereinheiten-RNA-Polymerase II [MCP, mcp.M111.008318] deuten darauf hin, dass das Gebiet der CXMS so weit ausgereift ist, dass seine Verwendung zur Kartierung von Proteininteraktionen in großen Komplexen bald zur Routine werden wird. CROSSLINKOMICS, das Massenspektrometrie und rechnergestützte Ansätze verwendet, um chemisch vernetzte Peptide mit hohem Durchsatz und unvoreingenommen zu identifizieren, entwickelt sich zu einer neuen und vielversprechenden OMICS, die das Potenzial hat, die Untersuchung von Protein-Protein-Interaktionen zu revolutionieren.