Immunomforschung
Offener Zugang
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Duccio Cavalieri, Damariz Rivero, Luca Beltrame, Sonja I Buschow, Enrica Calura, Lisa Rizzetto, Sandra Gessani, Maria C Gauzzi, Walter Reith, Andreas Baur, Roberto Bonaiuti, Marco Brandizi, Carlotta De Filippo, Ugo D
Hintergrund: Mit dem Aufkommen der Systembiologie ging auch die Entwicklung von Pathway-Datenbanken einher. Derzeit werden Pathways generisch in Bezug auf das Organ oder den Zelltyp definiert, in dem eine Reaktion stattfindet. Die Zelltypspezifität der Reaktionen ist die Grundlage der immunologischen Forschung, und die Erfassung dieser Spezifität ist von größter Bedeutung, wenn pathbasierte Analysen zur Entschlüsselung komplexer immunologischer Datensätze verwendet werden. Hier präsentieren wir DC-ATLAS, eine neuartige und vielseitige Ressource für die Interpretation von Hochdurchsatzdaten, die durch Störungen des Signalnetzwerks dendritischer Zellen (DCs) generiert werden. Ergebnisse: Pathways werden mithilfe eines neuartigen Datenmodells annotiert, der Biological Connection Markup Language (BCML), einem SBGN-kompatiblen Datenformat, das zur Speicherung der großen Menge an gesammelten Informationen entwickelt wurde. Die Anwendung von DCATLAS auf die pathbasierte Analyse des Transkriptionsprogramms von DCs, die mit Agonisten der Toll-like-Rezeptorfamilie stimuliert wurden, ermöglicht eine integrierte Beschreibung des Informationsflusses von den zellulären Sensoren bis zum funktionellen Ergebnis, wobei die zeitliche Abfolge von Aktivierungsereignissen erfasst wird, indem Reaktionssätze, die zu unterschiedlichen Zeitpunkten auftreten, in wohldefinierten Funktionsmodulen gruppiert werden. Schlussfolgerungen: Die Initiative verbessert unser Verständnis der DC-Biologie und der regulatorischen Netzwerke erheblich. Die Entwicklung eines systembiologischen Ansatzes für das Immunsystem verspricht, Erkenntnisse über das Immunsystem in erfolgreichere Immuntherapiestrategien umzusetzen.