Zeitschrift für Fischerei und Aquakultur
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Abstrakt

De Novo-Zusammenstellung und Analyse des Hoden-Transkriptoms der Menhaden, Bervoortia tyrannus

Frank J Zadlock IV, Satshil B Rana, Zain A Alvi, Ziping Zhang, Wyatt Murphy und Carolyn S Bentivegna

Hintergrund: Der Menhaden, Bervoortia tyrannus , ist einer der wichtigsten Fische im Ökosystem der Ozeane und eine wichtige Art, die wichtige Fischereien entlang der Atlantik- und Golfküste unterstützt. Aus genetischer Sicht ist jedoch wenig über Menhaden bekannt. Ziel dieses Projekts ist die Anwendung einer Hochdurchsatzsequenzierung auf die Hoden von Menhaden, um die genetischen Werkzeuge bereitzustellen, die für die weitere Untersuchung ihrer Populationsdynamik erforderlich sind.

Ergebnis: Wir haben die Illumina Next Seq 500-Technologie auf zwei verschiedene Hoden angewendet und Velvet/Oases verwendet, um die De-novo-Assemblierung durchzuführen, die zur Konstruktion von 254.462 Contigs führte. Die Anwendung von BLASTX zur Annotation der Contigs gegenüber der nicht redundanten Proteindatenbank ergab 46,89 % Übereinstimmungen. Um die Genauigkeit der Assemblierung zu validieren, wurden die Reads mit einem Prozentsatz von 87,83 % auf Transkripte (RMBT) zurückgeführt. Um die Assemblierungsergebnisse experimentell zu verifizieren, wurden Primer auf Grundlage des assemblierten Transkriptoms entwickelt und PCR-Produkte durch Sanger-Sequenzierung verifiziert. Um die funktionale Kategorisierung der annotierten Contigs zu verbessern, wurden sie mithilfe der Datenbanken Gene Ontology (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) und Clusters of Orthologous Groups (COG) weiter klassifiziert.

Schlussfolgerung: Diese Forschung ist der erste Bericht über einen kommentierten Überblick über die Hodentranskriptome bei B. tyrannus und stellt die bislang umfassendste genetische Ressource für Menhaden dar. Diese Arbeit kann als Archiv für zukünftige Genexpressionsanalysen, Funktionsstudien und Reproduktionsuntersuchungen bei B. tyrannus dienen . Dies wird die Möglichkeiten der Populationsüberwachung verbessern und kann als Benchmark für Vergleichsstudien mit anderen Fischmodellen verwendet werden. Insgesamt wird diese Forschung neue Möglichkeiten eröffnen und neue Erkenntnisse für Forscher liefern, die B. tyrannus untersuchen .