Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Entwicklung einer deuterierten Leucin-Markierung mit Immunpräzipitation zur Analyse zellulärer Proteinkomplexe

Shufang Liang, Xuejiao Xu, Haojie Lu und Pengyuan Yang

Die Markierung mit deuteriertem Leucin (Leu-d3) ist eine Art der stabilen Isotopenmarkierung durch Aminosäuren in Zellkulturen (SILAC), die häufig verwendet wird, um die relative Proteinexpression zu vergleichen und zu quantifizieren. Wir haben eine integrierte Immunpräzipitation (IP) in Verbindung mit einem SILAC-Ansatz (SILAC-IP) erweitert, um die spezifischen Bindungspartner zu unterscheiden, die mit einem Köderprotein in zwei Zellpopulationen verbunden sind. Mit dieser SILAC-IP-Strategie wurden die identifizierten spezifisch bindenden Proteine ​​quantifiziert, indem Paare von Leu-d3-markierten und unmarkierten Peptiden anhand der Massenspektren verfolgt wurden, wodurch spezifisch bindende Proteine ​​mit hoher Zuverlässigkeit von unspezifischen Partnern unterschieden werden konnten. Wir haben die SILAC-IP-Methode angewendet, um spezifisch bindende Proteine, die mit 14-3-3â in der menschlichen Leberzellkarzinom-Zelllinie QGY7703 assoziiert sind, von denen in der Leberzelllinie QSG7701 zu unterscheiden. Die Proteine, darunter HSP86, SKB1hs, GADPH und MEP50, wurden als mit 14-3-3â assoziiert identifiziert, wobei das Bindungsniveau in QGY7703 höher ist als in QSG7701-Zellen.