Transkriptomik: Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Differenzielle Genexpression der bedrohten Himalaya-Schneeforelle, die mit Aeromonashydrophilla infiziert ist

Ashoktaru

Die Schneeforelle (Schizothorax richardsonii) ist in den Höhenlagen des Himalaya endemisch und gedeiht gut in einem breiten Temperaturbereich (0-27 °C). Die Art kann als Modellart zur Untersuchung der abiotischen und biotischen Stressreaktion von Kaltwasserfischarten verwendet werden. In der vorliegenden Studie verglichen wir die Lebertranskriptome von mit Aeromonas hydrophilla infizierten (Ah+) und scheininfizierten (Ar-) S. richardsonii. Die Transkriptomdatenbank für die Art wurde mit einer Kaskade immunbezogener, unterschiedlich exprimierter Gene entwickelt, wobei RNA-Sequenzierung (2×100 bp gepaarte Enden) auf der Sequenzierungsplattform Illumina 2000 durchgeführt wurde. Unter den 50.453 durch De-novo-Assemblierung erhaltenen Unigenen wurden 24.464 Unigene annotiert, von denen 82 mit Genen für Immunreaktionen in Zusammenhang standen. Im Vergleich zur Ah-Gruppe gab es in der Ah+-Gruppe 265 unterschiedlich exprimierte Unigene (189 hochreguliert und 75 herunterreguliert). Die Mehrheit der Gene, die während der bakteriellen Pathogenese an der Immunregulation beteiligt sind, sind mit der extrazellulären Region, Membranintegrität, Ionenbindung, Signalübertragung, Antigenverarbeitung und -präsentation, dem MHC-Klasse-I-Proteinkomplex usw. verknüpft. Insbesondere 15 Unigene, die mit der Immunantwort in Zusammenhang stehen, und 9 Unigene, die mit Begriffen der Genontologie der Signalübertragung in Zusammenhang stehen, waren in der bakteriell belasteten Gruppe deutlich dysreguliert. Vier Immungene – Interleukin 1β1, Prostaglandin-Endoperoxid-Synthase 2a & 2b und Ankyrin-Repeat-Domäne – erwiesen sich als sehr aktiv gegen A. hydrophilla. Die vorliegende Studie bietet erste Einblicke in mögliche Veränderungen auf molekularer Ebene dieses potenziellen Modellfisches während eines pathogenen Befalls.