Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Shi-de Lin, Jing-zhe Li, Peng Wang, Yu-jie Zang und Ting-bao Zhao
Hintergrund: Astrozytom und Oligodendrogliom sind zwei histologische Subtypen primärer Tumoren des Zentralnervensystems (ZNS). Aufgrund der hohen zytoarchitektonischen Variabilität und des Fehlens genauer diagnostischer Biomarker bleibt die klinische Unterscheidung von Astrozytomen und Oligodendrogliomen schwierig. Methoden: Die Gesamtproteinlysate aus klinischen Astrozytom- und Oligodendrogliomproben wurden mittels 2DLC/MS/MS analysiert und mittels Isobaric Tags Relative and Absolute Quantitation (iTRAQ) quantifiziert. Differenziell exprimierte Proteine wurden zusätzlich mit der Software Ingenuity Pathway Analysis (IPA) analysiert. Abschließend wurden die Expressionsniveaus potenzieller Biomarker mittels Western Blot validiert. Ergebnisse: Insgesamt wurden 1856 Proteine identifiziert. Davon waren 83 Proteine in Astrogliomproben im Vergleich zu Oligodendrogliomen erhöht und 82 Proteine verringert. Unsere bioinformatische Studie zeigte, dass diese Proteinprofiländerung bei Astrozytomen eher dazu neigt, die Zellproliferation, Migration und Angiogenese zu steigern. Darüber hinaus zeigte die Pfadanalyse, dass der Proteinspiegel der Komponenten des Rho-Familien-GTPasen-Pfads zwischen Astrozytom und Oligodendrogliom deutlich unterschiedlich war. Schließlich wurde festgestellt, dass zwei Mitglieder der Rho-Familie der GTPasen, das Zellteilungskontrollprotein 42-Homolog (CDC42) und das transformierende Protein RhoA (RHOA), in Astrozytomen bzw. Oligodendrogliomen stark exprimiert sind. Diskussion: Die differentielle proteomische Analyse war validiert, um zwischen Astrozytomen und Oligodendrogliomen zu unterscheiden. Insbesondere zwei Mitglieder der Rho-Familie der GTPasen, CDC42 und RHOA, wären potenzielle Indikatoren, um die pathologischen Merkmale dieser beiden Krankheiten widerzuspiegeln.