Fortgeschrittene Techniken in Biologie und Medizin
Offener Zugang

Abstrakt

Verbessern Antigen-Retrieval-Techniken die DNA-Ausbeute aus formalinfixiertem, in Paraffin eingebettetem Gewebe?

Subash Govender und Richard Naidoo

In dieser Studie wurde die Verwendung von Schnellkochen mit verschiedenen Extraktionslösungen bei unterschiedlichen pH-Werten untersucht, um das optimale Protokoll für die Extraktion hochwertiger DNA aus formalinfixierten, in Paraffin eingebetteten (FFPE) Geweben zu ermitteln. Darüber hinaus wurde auch der Oxidationseffekt auf die archivierten FFPE-Gewebe in Bezug auf das Alter der Gewebeblöcke untersucht. Das Hauptziel der Studie bestand darin, diese Technik an 11 Magenkrebsarten zu untersuchen. Das Design unserer Studie basierte auf den Prinzipien der Antigen-Retrieval-Technik unter Verwendung eines herkömmlichen Schnellkochtopfs, um die Qualität der aus FFPE-Geweben extrahierten DNA zu verbessern. Zusätzlich zu den Magenkrebsarten wurden Lymphom-, Brust-, Prostata- und Dickdarmkrebs verwendet, um eine Gewebeverzerrung auszuschließen. Die statistische Korrelation wurde mithilfe des gepaarten t-Tests und des Benjamini-Hochberg-Tests durchgeführt. Unsere Ergebnisse zeigen, dass mit den verschiedenen Extraktionslösungen beim Schnellkochen im Vergleich zu den Kontrollproben, die diesem Verfahren nicht unterzogen wurden, hohe DNA-Konzentrationen erzielt wurden. Die mittlere DNA-Konzentration stieg mit allen getesteten Lösungen an, aber die DNA-Ausbeute war bei 3 der 4 verwendeten Retrievallösungen deutlich höher. Die Verwendung von Antigen-Retrieval-Lösungen bei hohem Druck und hoher Temperatur durch Schnellkochen kann die Umkehrung der Vernetzungswirkung von Formalin in FFPE-Geweben ermöglichen. Darüber hinaus bestätigt die Beobachtung, dass die aus kürzlich verarbeiteten Blöcken extrahierte DNA eine höhere Ausbeute lieferte als aus älteren Gewebeblöcken, dass Oxidation eine schädliche Wirkung auf DNA hat.