Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik

Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

ISSN: 0974-276X

Abstrakt

In-silico- Analyse von Aminosäuresequenzen im Hinblick auf die Spezifität und physikochemischen Eigenschaften einiger mikrobieller Nitrilasen

Nikhil Sharma, Rekha Kushwaha, JS Sodhi und TC Bhalla

Es wurde eine In-silico-Analyse der Aminosäuresequenzen einiger aromatischer und aliphatischer mikrobieller Nitrilasen hinsichtlich bestimmter physikochemischen Eigenschaften und der Spezifität für aromatische oder aliphatische Nitrile durchgeführt. Die multiple Sequenzalignment -Analyse der Aminosäuresequenzen hat deutliche Unterschiede zwischen aromatischen und aliphatischen Nitrilasen hinsichtlich des positionsspezifischen Vorkommens konservierter Aminosäuren gezeigt. Die statistische Analyse der meisten physikochemischen Parameter ergab keinen klaren Unterschied zwischen den beiden Nitrilasen. Bei aromatischen Nitrilasen waren die konservierten Aminosäurereste neben der Triade der aktiven Site-Domäne (Glu, Lys, Cys) His-129, Asn-168 und Arg-174 und diese wurden bei aliphatischen Nitrilasen durch Arg-129, His-168 und Lys-174 ersetzt. Auch die physikochemischen Eigenschaften dieser beiden Nitrilasengruppen unterschieden sich. Im Vergleich zu aliphatischen Nitrilasen weisen aromatische Nitrilasen beispielsweise eine geringere Anzahl an Aminosäureresten, eine geringere Molekülmasse, höhere pI-Werte und einen höheren Gehalt an Ala- und Cys-Resten auf.

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