Immunomforschung
Offener Zugang

Abstrakt

Epitopbasiertes Peptid-Impfstoffdesign gegen Mokola-Tollwutvirus-Glykoprotein G unter Verwendung von In-Silico-Ansätzen

Mohammed AA, Hashim O, Elrahman KAA, Hamdi A und Hassan MA

Hintergrund: Das Lyssavirus gilt als vernachlässigtes, zoonotisches und tropisches Virus. Unter allen heute bekannten Lyssavirusarten ist das Mokolavirus einzigartig und scheint ausschließlich in Afrika vorzukommen. Dieses Virus ist für eine Meningoenzephalomyelitis bei Säugetieren verantwortlich. Daher ist die In-silico-Vorhersage von Epitopen geeigneter Proteinreste wichtig, um einen Peptidimpfstoff mit starker Immunogenität und minimaler allergischer Wirkung herzustellen. Ziel dieser Studie war die Entwicklung eines Impfstoffs gegen das Mokolavirus unter Verwendung seiner Glykoproteinpeptide als Immunogen zur Stimulierung einer schützenden Immunantwort.
Methoden und Materialien: Die Glykoprotein-G-Sequenzen von Mokola wurden aus NCBI untersucht und anschließend wurden die Sequenzen ausgerichtet, um konservierte Regionen zu erhalten. Die nominierten Epitope aus der Immune Epitope Database wurden mit verschiedenen Vorhersagetools für B-Zellen, T-Zellen MHC Klasse II und I analysiert. Anschließend wurden die Sequenzen mithilfe von ClustalW ausgerichtet, das im BioEdit-Programm implementiert ist.
Ergebnisse und Schlussfolgerungen: Beim Bepipred-Test der B-Zelle betrug die Gesamtzahl der konservierten Epitope 85. Bei der Vorhersage der Oberflächenzugänglichkeit von Emini überschritten 36 konservierte Epitope den Standardschwellenwert von 1,0. Bei der Antigenität von Kolaskar und Tongaonkar ergaben 36 konservierte Epitope einen Wert über dem Standardschwellenwert von 1,045. Es gibt jedoch nur drei Epitope, die die drei Tests bestehen (LYTIPEK, LAHQK, YPSVPS). Der Referenz-Glykoproteinstamm wurde mithilfe des IEDB-Tools zur Vorhersage der MHC-I-Bindung analysiert, um T-Zell-Epitope vorherzusagen. Es wurde vorhergesagt, dass zwanzig konservierte Peptide mit verschiedenen MHC-I-Allelen interagieren. Bei der Vorhersage der MHC-II-Bindung wurden 47 konservierte Epitope gefunden, die mit MHC-II-Allelen interagieren. Die Peptide GQILIPEMQ, FRRLSHFRK und FVGYVTTTF hatten die Affinität zur Bindung der höchsten Anzahl von MHC-II-Allelen. Die weltweite Bevölkerungsabdeckung für die drei vielversprechendsten MHC-I-Peptide FVDLHMPDV, FVGYVTTTF und RLFDGTWVS betrug 67,42 %, während die weltweite Bevölkerungsabdeckung für die vielversprechendsten MHC-II-Peptide 99,77 % betrug. Für die Bindung an MHC-I und MHC-II betrug die weltweite Bevölkerungsabdeckung für das Peptid FVG TTTF 99,31 %.