Immunomforschung
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Abstrakt

EpitopeViewer: eine Java-Anwendung zur Visualisierung und Analyse von Immunepitopen in der Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB)

John E. Beaver, Philip E. Bourne und Julia V. Ponomarenko

Hintergrund: Strukturinformationen über Epitope, insbesondere die dreidimensionalen (3D) Strukturen von Antigenen in Komplexen mit Immunrezeptoren, stellen eine wertvolle Datenquelle für die Immunologie dar. Diese Informationen sind in der Protein Data Bank (PDB) verfügbar und werden in kuratierter Form von der Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) bereitgestellt. Angesichts des kontinuierlichen Wachstums dieser Daten und der Bedeutung des Verständnisses von Interaktionen auf molekularer Ebene von immunologischem Interesse besteht ein Bedarf an spezialisierten molekularen Visualisierungs- und Analysetools. Ergebnisse: Der EpitopeViewer ist eine plattformunabhängige Java-Anwendung zur Visualisierung der dreidimensionalen Struktur und Sequenz von Epitopen und zur Analyse ihrer Interaktionen mit antigenspezifischen Rezeptoren des Immunsystems (Antikörper, T-Zell-Rezeptoren und MHC-Moleküle). Der Viewer rendert sowohl 3D-Ansichten als auch zweidimensionale Diagramme intermolekularer Interaktionen zwischen dem Antigen und den Rezeptoren, indem er kuratierte Daten aus der IEDB liest und/oder diese spontan aus Atomkoordinaten aus der PDB berechnet. Die 3D-Ansichten und zugehörigen Interaktionen können für die zukünftige Verwendung und Veröffentlichung gespeichert werden. Auf den EpitopeViewer kann über die IEDB-Website http://www.immuneepitope.org über den Quicklink „Datensätze nach 3D-Struktur durchsuchen“ zugegriffen werden. Fazit: Der EpitopeViewer wurde für die Verwendung durch Immunologen entwickelt und getestet, die wenig oder keine Ausbildung in molekularer Grafik haben. Der EpitopeViewer kann von den meisten gängigen Webbrowsern ohne Benutzereingriff gestartet werden. Es ist eine Java Runtime Environment (RJE) 1.4.2 oder höher erforderlich.