Zeitschrift für Chromatographie und Trenntechniken
Offener Zugang

Abstrakt

Bewertung von sechs Protokollen zur Proteinextraktion aus jungen Reisrispen mittels zweidimensionaler Elektrophorese

Huang X, Zhou H

ABSTRAKT

Bei den meisten bekannten Proteomik-Ansätzen sind die Proteinextraktion und Probenaufbereitung für optimale Ergebnisse von entscheidender Bedeutung. Die Extraktion von Protein aus Kulturpflanzengewebe bleibt jedoch eine große Herausforderung, da der Proteingehalt niedrig und die zahlreichen sekundären Metabolite vorhanden sind, die die isoelektrische Fokussierung und anschließende Proteomanalyse erheblich beeinträchtigen. Bislang gab es keine Versuche, die Verfahren zur Proteinextraktion aus jungen Reisrispen zu vergleichen. Um ein hocheffizientes Proteinextraktionsprotokoll zu entwickeln, das sich für die zweidimensionale Elektrophorese (2-DE) in jungen Reisrispen eignet, wurden sechs Protokolle zur Proteinaufbereitung evaluiert: (1) Phenolextraktion; (2) Mg/Nonidet P-40 (NP-40)-Extraktion; (3) Tris-Base/Aceton-Fällung; (4) SDS-Extraktion; (5) Trichloressigsäure (TCA)/Aceton/Phenol-Extraktion; (6) TCA/Aceton-Fällung. Die Studie zeigt ausdrücklich, dass die TCA/Aceton/Phenol-Methode eine deutlich verbesserte Proteinextraktionseffizienz aus jungen Reisrispen im Vergleich zu anderen Protokollen bietet, was die höhere Qualität des 1-DE-Gels, die maximale Anzahl (450) gut aufgelöster Proteinflecken, die höhere Auflösung und Fleckhäufigkeit angeht. Darüber hinaus erzeugten diese Methoden auch bemerkenswert unterschiedliche Proteinfleckenmuster bei der zweidimensionalen Gelelektrophorese. 29 von 30 sichtbaren, unterschiedlich extrahierten Proteinen wurden durch MALDI-TOF-MS/MS-Analyse identifiziert und entsprechend ihrer molekularen Funktion in acht Kategorien unterteilt. Die gesammelten Daten weisen darauf hin, dass unterschiedliche Extraktionsmethoden aufgrund der unterschiedlichen physikochemischen Eigenschaften der einzelnen Protokolle jeweils bestimmte spezielle Pflanzengewebe erfordern. Insgesamt wird diese Studie, die in diesem Artikel vorgestellt wird, dazu beitragen, einen Grundstein für die vergleichende Proteomanalyse von jungen Reisrispen, einschließlich anderer komplizierter Pflanzengewebe, zu legen.