Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Evolutionäre Analyse von CRISPRs in Archaea: Ein Beweis für horizontalen Gentransfer

Anupama S, Aswathy Rajan MP, Gurusaran M, Radha P, Dinesh Kumar KS, Chitra R, Hima Vyshanavi AM und Sekar K

Ähnlich dem eukaryotischen Immunsystem beherbergen Prokaryoten CRISPRs, eine Reihe von DNA-Repeats und Spacern, um die Immunität gegen eindringende Phagen und Plasmide zu stärken. Eine CRISPR-Einheit (Clustered Regularly Interspaced Short Palindrome Repeats), die im Genom eines Organismus gefunden wird, besteht aus einer Reihe sich wiederholender Sequenzen, die durch einzigartige Spacer voneinander getrennt sind, und ist mit speziellen Genen verbunden, die sich neben der Reihe befinden. Die Spacer-Sequenzen sind Nukleotidfragmente, die aus einem eindringenden Organismus integriert wurden. Die vergleichende genomische Analyse von CRISPR-Sequenzen bestätigt große Unterschiede innerhalb der CRISPR-CAS-Systeme zwischen verschiedenen Prokaryoten. Hier wird eine Analyse der gesamten Archaeenart auf ihre CRISPR-Sequenzen hin durchgeführt, zusammen mit einer Fallstudie. Die aus den CRISPR-Sequenzen skizzierte phylogenetische Analyse weist auf eine Harmonie entlang der Repeats der analysierten Organismen hin, ohne dass eine Spur von Spacer-Ähnlichkeit zu erkennen ist. Darüber hinaus werden neue CRISPR-Elemente beschafft, abgesehen von denen, die bereits in der Datenbank vorhanden waren. Anschließend werden die CRISPRs mithilfe von BLAST einer lokalen Ausrichtung unterzogen, um sicherzustellen, dass eine der Sequenzen Ähnlichkeiten mit den im NCBI verfügbaren menschlichen und viralen Genomen aufweist.