Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Fraktionierte Präzipitation des Plasmaproteoms durch Ammoniumsulfat: Fallstudien zu Leukämie und Thalassämie

Sutapa Saha, Suchismita Halder, Dipankar Bhattacharya, Debasis Banerjee und Abhijit Chakrabarti

Das menschliche Plasmaproteom ist eine umfassende Quelle für Krankheitsbiomarker. Der dynamische Konzentrationsbereich seiner Proteinbestandteile, der mehr als 10 Größenordnungen beträgt, macht es jedoch erforderlich, vor der Entdeckung der Biomarker reichlich vorhandene Proteine ​​aus dem Plasma zu entfernen. Unser Ziel war die Entwicklung einer einfachen Methode, mit der die am häufigsten vorkommenden Proteine, z. B. Albumin und Immunglobuline, entfernt werden, um die Identifizierung unterschiedlich regulierter Proteine ​​in Plasmaproben effektiv zu erleichtern. Wir verwendeten eine Vorfraktionierung des Plasmas auf Ammoniumsulfatbasis, gefolgt von einer zweidimensionalen Gelelektrophorese (2DGE), um normale Proteine ​​mit denen aus den Plasmaproben der Patienten zu vergleichen, nachdem wir die Proteine ​​durch MALDI-TOF/TOF-Tandem-Massenspektrometrie identifiziert hatten. Die fraktionierte Präzipitation der Plasmaproben mit 20 % Ammoniumsulfat aus Rohplasma verdoppelte die Anzahl der Proteinflecken nach der 2DGE und führte zur Identifizierung von 87 einzigartigen Proteinen, darunter mehrere Proteine ​​mit geringer Häufigkeit. Fallstudien mit fraktionierter Präzipitation von Plasmaproben von Patienten mit hämatologischen Erkrankungen wie Leukämie und Thalassämie zeigen die Nützlichkeit einer solchen Vorfraktionierung bei der Erkennung unterschiedlich regulierter Proteine.