Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Genexpressionsprofilierung der tuberkulösen Meningitis

Ghantasala S. Sameer Kumar, Abhilash K. Venugopal, Lakshmi Dhevi N. Selvan, Arivusudar Marimuthu, Shivakumar Keerthikumar, Swapnali Pathare, Jyoti Bajpai Dikshit, Pramila Tata, Ramesh Hariharan, Thottethodi Subrahmanya Keshava Prasad, HC Harsha, YL Ramachandra, Anita Mahadevan, Raghothama Chaerkady, SK Shankar und Akhilesh Pandey

Tuberkulöse Meningitis (TBM) ist eine Form der extrapulmonalen Tuberkulose, die mit schweren neurologischen Defiziten und einer hohen Sterblichkeit einhergeht. Die Frühdiagnose von TBM ist trotz der Verfügbarkeit mehrerer Diagnosemethoden eine große Herausforderung. Bestehende Diagnosemethoden und Marker sind aufgrund mangelnder Spezifität und Sensitivität für die Frühdiagnose von TBM ungeeignet. Die DNA-Microarray-Technologie ermöglicht die Hochdurchsatzidentifizierung von differentiell exprimierten Genen. Um Moleküle als mögliche Biomarker für eine Frühdiagnose oder als therapeutische Ziele bei TBM zu identifizieren, führten wir eine Transkriptomanalyse von Hirngewebe mithilfe von Oligonukleotid-Arrays des gesamten menschlichen Genoms durch. Anhand dieser Genexpressionsanalyse identifizierten wir 2.434 Gene, die in TBM-Fällen im Vergleich zu Kontrollen mindestens doppelt so stark differentiell exprimiert wurden. Die große Mehrheit der differentiell exprimierten Gene kodierte Proteine, die am Stoffwechsel, Zellwachstum, Transport, der Immunantwort, der Zellkommunikation und der Signalübertragung beteiligt sind. Wir haben die Hochregulierung zweier Moleküle, Serpinpeptidase-Inhibitor, Clade A-Mitglied 3 (SERPINA3) und Gliafasersäureprotein (GFAP), auf Proteinebene durch immunhistochemische Analyse bestätigt. Die Ergebnisse unserer Studie sollten uns helfen, die molekularen Mechanismen zu verstehen, die TBM zugrunde liegen, und bessere Diagnose- und Therapiestrategien gegen diese tödliche Krankheit zu entwickeln.