Zeitschrift für klinische und experimentelle Ophthalmologie
Offener Zugang

Abstrakt

Genomische Analyse von Cryaa-R49C- und Cryab-R120G-Knockin-Mutantenmäusen: 10-Jahres-Follow-up

Fred Kolling IV, Carol Ringelberg, Mia Wallace, Usha P. Andley

Ziel: Zwei experimentelle Proben einer Mauslinie mit Cryaa- oder Cryab-Modifikationen auf einem überwiegend C57Bl/6-Hintergrund wurden unter Verwendung embryonaler Stammzellen des Mausstamms 129Sv untersucht. Ziel war es, den genauen genetischen Hintergrund der Mäuse 10 Jahre nach ihrer Konvertierung auf den C57Bl/6-Hintergrund erneut zu untersuchen.

Ergebnisse: Die genetischen Hintergründe der Mäuse wurden in der DartMouse™ Speed ​​Congenic Core Facility der Geisel School of Medicine in Dartmouth untersucht. DartMouse verwendete den Infinium Genotyping Assay von Illumina, Inc., um ein benutzerdefiniertes Panel von 5307 SNPs zu untersuchen, die über das gesamte Genom verteilt waren. Die Roh-SNP-Daten wurden mit der DartMouse SNaPMap™- und Map-Synth™-Software analysiert, die eine Identifizierung des genetischen Hintergrunds an jedem SNP-Standort für jede Maus ermöglichte. Im Rahmen der Analyse wurden 323 SNPs aufgrund interner Qualitätskontrollprotokolle aus den Daten eliminiert, bevor Chromosomenkarten erstellt wurden. Von den verbleibenden 4984 SNPs waren 44,56 % nicht informativ (nicht polymorph zwischen den beiden relevanten genetischen Hintergründen) und etwa 0,91 % lieferten nicht interpretierbare Daten. Die verbleibenden 54,53 % der zurückgegebenen SNPs waren gut über das gesamte Genom verteilt. Es wurde festgestellt, dass der genetische Hintergrund zu 98–99 % aus C57Bl/6J bestand, was dem gewünschten Hintergrund entsprach.