Transkriptomik: Offener Zugang
Offener Zugang
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Shridhar Jambagi, Jim M. Dunwell
Hintergrund: Podosphaera aphanis, der Erreger des Erdbeermehltaus, verursacht weltweit erhebliche wirtschaftliche Verluste.
Methoden: Wir verwendeten die diploide Erdbeerart Fragaria vesca als Modell zur Untersuchung der Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und Krankheitserregern. Mittels RNA-Sequenzierung wurde ein Transkriptom-Datensatz aus zwei Akzessionen, F. vesca ssp. vesca Hawaii 4 (HW) und F. vesca f. semperflorens Yellow Wonder 5AF7 (YW), 1 Tag (1 DAI) und 8 Tage (8 DAI) nach der Infektion generiert.
Ergebnisse: Von den insgesamt identifizierten Reads wurden etwa 999 Millionen (92 %) dem F. vesca-Genom zugeordnet. Diese Transkripte wurden von insgesamt 23.470 bzw. 23.464 Genen in HW und YW zu den drei Zeitpunkten (Kontrolle, 1 und 8 DAI) abgeleitet. Die Analyse identifizierte 1.567, 1.846 und 1.145 hochregulierte Gene zwischen Kontrolle und 1 DAI, Kontrolle und 8 DAI sowie 1 und 8 DAI in HW. Ebenso waren 1.336, 1.619 und 968 Gene in YW hochreguliert. Außerdem wurden 646, 1.098 und 624 herunterregulierte Gene in HW identifiziert, während 571, 754 und 627 Gene in YW zwischen allen drei Zeitpunkten herunterreguliert waren.
Schlussfolgerung: Die Untersuchung von differenziell exprimierten Genen (log2-fache Veränderung ?5) zwischen Kontrolle und 1 DAI in HW und YW ergab eine große Anzahl von Genen, die mit dem Sekundärstoffwechsel, der Signaltransduktion, der Transkriptionsregulation und der Krankheitsresistenz in Zusammenhang stehen und stark exprimiert waren. Dazu gehörten Flavonoid-3'-Monooxygenase-Monooxygenase, Peroxidase 15, Glucan-Endo-1,3-?-Glucosidase 2, rezeptorähnliche Kinasen, Transkriptionsfaktoren, Germin-ähnliche Proteine, F-Box-Proteine, NB-ARC- und NBS-LRR-Proteine. Dies ist die erste Anwendung von RNA-Sequenzierung auf eine Pathogeninteraktion bei Erdbeeren.