Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

GPDE: Eine biologische Sicht auf PRIDE

Johannes Griss und Christopher Gerner

Die klinische Proteomik ist ohne den umfassenden Einsatz von Metaanalysen undenkbar. Mit der Entwicklung des XML-Datenformats (Extensive Markup Language) der Proteomics Identification Database Engine (PRIDE) im Jahr 2005 wurde ein standardisiertes Datenformat für die Veröffentlichung proteomischer Daten geschaffen. Hier präsentieren wir die Griss Proteomics Database Engine (GPDE, http://www .griss.co.at/?GPDE ): ein webbasiertes Bioinformatik-Tool mit Open Source, das die Möglichkeiten dieses standardisierten Datenformats nutzt, um biologisch basierte Metaanalysen für eine unbegrenzte Zahl von Proteomik-Experimenten zu erstellen. Seine Ziele sind (1) vollständige Kompatibilität mit dem PRIDE-XML-Datenschema, (2) Integration der Daten verschiedener Experimente oder Projekte auf Basis speziell definierter „Zelltypen“ und damit Auflösung der „Grenzen“ zwischen verschiedenen Experimenten und (3) Bereitstellung einer intuitiven Weboberfläche für den Zugriff auf Daten, die sonst nur über komplexe Abfragen zugänglich wären. Die GPDE ist eine kostenlose Software und steht unter den Bedingungen der Affero General Public License (AGPL, http://www.fsf.org/licensing/licenses/agpl-3.0.html ) zum Download bereit. Die GPDE wird derzeit von den Clinical Proteomics Laboratories an der Medizinischen Universität Wien (CPL/MUW) verwendet (verfügbar unter http://www.meduniwien.ac.at/proteomics/database ). Dort wird die GPDE auf drei verschiedene Arten eingesetzt: 1) als In-silico-Alternative zu mehreren Western-Analysen; 2) um einen einfachen Zugriff auf zelluläre Proteomreferenzkarten zu ermöglichen und 3) um die Bewertung der Spezifität von Biomarkerkandidaten zuverlässig zu unterstützen.