Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Homologiemodellierung und Funktionsanalyse des LPG2-Proteins von Leishmania- Stämmen

Ganesh Chandra Sahoo, Manas Ranjan Dikhit, Mukta Rani und Pradeep Das

Da das Problem der Arzneimittelresistenz bei Leishmaniose weiterhin besteht, werden uns die Modellierung und Analyse verschiedener essentieller Proteine ​​von Leishmania-Stämmen dabei helfen, neue Leitsubstanzen zu entdecken. Das Protein Lipophosphoglycan 2 (LPG2) wird für die Entwicklung von Leishmania während ihres gesamten Lebenszyklus benötigt, einschließlich der Virulenz gegenüber dem Säugetierwirt. LPG2 ist an einem speziellen Virulenzweg beteiligt, der ein attraktives Ziel für eine Chemotherapie darstellen könnte. Homologiemodelle von LPG2 von fünf Leishmania-Arten wurden unter Verwendung der Röntgenstrukturen verschiedener Transportproteine ​​als Vorlagen nach den Prinzipien der vergleichenden Proteinmodellierung erstellt. Das resultierende Modell weist die korrekte Stereochemie auf, wie aus dem Ramachandran-Diagramm hervorgeht, und eine gute dreidimensionale (3-D) Strukturkompatibilität, wie durch die Procheck- und Profiles-3D-Werte bewertet. Die funktionelle Zuordnung des LPG2-Proteins von Leishmania-Stämmen durch SVM ergab, dass es neben der Transporteraktivität auch mehrere neue Funktionen erfüllt, z. B. Eisenbindung, Natriumbindung, Kupferbindung. Es gehört auch zum Protein der Major Facilitator Family (MFS) und der Typ-II-Familie (allgemein) des sekretorischen Wegs (IISP). Wichtige funktionelle Motive wurden im LPG2-Protein verschiedener Leishmania-Stämme mithilfe verschiedener Programme identifiziert. Potentielle Ligandenbindungsstellen (LBSs) im LPG2-Protein dieser Stämme wurden mithilfe des Pocket Finder-Programms identifiziert. Auf der Grundlage der Struktur der Ligandenbindungsstellen können bestimmte LPG2-Inhibitoren entwickelt werden. Die Ähnlichkeiten in der Molekularstruktur, Funktion und Unterschiede in den LBSs von LPG2 von L. donovani, L. major, L. infantum, L. braziliensis und L. mexicana liefern Hinweise auf selektive und spezifische LPG2-Inhibitoren.