Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Identifizierung und Charakterisierung von Membranproteinen aus Maushirngewebe

Nguyen Tien Dung, Do Huu Chi, Le Thi Bich Thao, Nguyen Thi Kim Dung, Nguyen Bich Nhi und Phan Van Chi

Membranproteine ​​sind attraktive Ziele für die Proteomikforschung, da sie in zahlreichen Prozessen der Zelle eine wichtige Rolle spielen, darunter Zelladhäsion, Immunantwort, Stoffwechsel und Signalübertragung. Zu Beginn der Proteomikforschung wurde die zweidimensionale Gelelektrophorese (2D-PAGE) routinemäßig zur Trennung komplexer proteomischer Proben eingesetzt. Aufgrund ihrer Hydrophobie ist diese Methode jedoch bei der Trennung von Membranproteinen mit Schwierigkeiten verbunden. In dieser Studie wurden Membranfraktionen aus dem Gehirn von Mäusen mittels Karbonatextraktion und Ultrazentrifugation hergestellt. Die Trennung und Identifizierung der Membranproteine ​​mittels eines gelbasierten Ansatzes in Kombination mit zweidimensionaler Nanoflüssigkeitschromatographie, die online mit Tandem-Massenspektrometrie (2DNanoLC-Q-TOF-MS/MS) gekoppelt wurde, wurde vorgestellt. Insgesamt wurden 298 identifizierte Membranproteine ​​aus dem Gehirn von Mäusen mithilfe der UniProt-Datenbank sowie SOSUI- und TMHMM-Algorithmen verifiziert und vorhergesagt. Darunter wurden 129 (43,3 %) Proteine ​​mit mindestens einer Transmembrandomäne mithilfe von SOSUI und TMHMM vorhergesagt. Darüber hinaus wurden die Funktion, die subzelluläre Lokalisation und der Hydrophobiewert der identifizierten Membranproteine ​​kategorisiert.