Transkriptomik: Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Identifizierung neuer MicroRNAs und ihre Zielvorhersage in Stevia rebaudiana

Vibha Mandhan und Kashmir Singh

Stevia rebaudiana Bertoni erlangt aufgrund seiner Bedeutung für die Ernährung und seiner zunehmenden Verwendung als natürlicher Süßstoff weltweit Aufmerksamkeit. Um das genregulatorische Netzwerk dieser Pflanze besser zu verstehen, haben wir mit der Hochdurchsatz-Sequenzierung kleiner RNAs begonnen, um neue microRNAs (miRNAs) zu entdecken. miRNAs sind eine Klasse kurzer endogener nicht-kodierender kleiner RNA-Moleküle mit einer Länge von etwa 18–22 Nukleotiden, deren Hauptfunktion darin besteht, die Genexpression auf verschiedene Weise herunterzuregulieren, etwa durch Translationsrepression, mRNA-Spaltung und epigenetische Modifikation. Wir haben eine sRNA-Bibliothek von S. rebaudiana erstellt und nach der Sequenzierung mit dem Illumina Genome Analyzer II insgesamt 30.472.534 Reads erhalten, die 2.509.190 verschiedene Sequenzen repräsentieren. Anhand dieser Reads wurden zwölf neue miRNAs vorhergesagt, deren Vorläufer möglicherweise aus Stevia-EST- und Nukleotidsequenzen erzeugt wurden. Nicht alle neuen Sequenzen wurden zuvor in Stevia oder anderen Pflanzenarten beschrieben. Für die meisten neuen miRNAs, darunter hauptsächlich mRNA-kodierende Enzyme, die wichtige Stoffwechsel- und Signalwege der Pflanze regulieren, wurden mutmaßliche Zielgene vorhergesagt. Unser Ergebnis hat die Anzahl der miRNAs in Stevia erhöht, was für weitere Untersuchungen der biologischen Funktionen und der Evolution von miRNAs in Stevia und anderen Pflanzenarten nützlich sein sollte.