Immunomforschung
Offener Zugang

Abstrakt

ImmTree: Datenbank der evolutionären Beziehungen von Genen und Proteinen im menschlichen Immunsystem

Csaba Ortutay, Markku Siermala und Mauno Vihinen

Hintergrund: Das Immunsystem, ein komplexes System, basiert auf der hoch koordinierten Expression einer Vielzahl von Genen und Proteinen. Die Evolutionsgeschichte des menschlichen Immunsystems ist nicht gut charakterisiert. Obwohl mehrere Studien zur Entwicklung und Evolution immunologischer Prozesse veröffentlicht wurden, fehlt noch immer eine umfassende genombasierte Analyse. Eine Datenbank, die sich auf die evolutionären Beziehungen immunbezogener Gene konzentriert, würde die Forschung in Immunologie und Evolutionsbiologie unterstützen und erleichtern. Ergebnisse: Eine Internetressource namens ImmTree http://bioinf.uta.fi/ImmTree wurde zum Studium der Evolution und der Evolutionsbäume des menschlichen Immunsystems erstellt. ImmTree enthält Informationen über Orthologe in 80 Arten, die aus den Datenbanken HomoloGene, OrthoMCL und EGO gesammelt wurden. Neben phylogenetischen Bäumen bietet der Dienst Daten zum Vergleich von Mensch-Maus-Orthologpaaren, einschließlich synonymer und nicht-synonymer Mutationsraten, Z-Werte und Ka/Ks-Quotienten. Eine vielseitige Suchmaschine ermöglicht komplexe Abfragen aus der Datenbank. Derzeit sind Daten zu 847 Genen und Proteinen des menschlichen Immunsystems verfügbar. Fazit: ImmTree bietet einen einzigartigen Datensatz von Genen und Proteinen des menschlichen Immunsystems, deren Phylogenetik und Informationen zum Vergleich von Mensch-Maus-Orthologenpaaren, synonymen und nicht-synonymen Mutationsraten sowie andere statistische Informationen.