Immunomforschung
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Abstrakt

Immuninformatische Vorhersage eines Peptid-basierten Impfstoffs gegen das Afrikanische Pferdepestvirus

Malaz Abdelbagi, Tarteel Hassan, Mohammed Shihabeldin, Sanaa Bashir, Elkhaleel Ahmed, Elmoez Mohamed, Shawgi Hafiz, Abdah Abdelmonim, Tassneem Hamid, Shimaa Awad, Ahmed Hamdi, Khoubieb Ali und Mohammed A. Hassan

Hintergrund: Die Afrikanische Pferdepest (AHS) ist eine Viruserkrankung von Pferden. Sie wird durch hämatophage Culicoides-Mücken (Diptera, Ceratopogonidae) übertragen und verursacht bei Pferden schwere Erkrankungen, die zum Tod führen können. Das Afrikanische Pferdepestvirus (AHSV) ist ein doppelsträngiges RNA-Virus (dsRNA) mit zehn Genomsegmenten, die sieben Strukturproteine ​​(VP1-VP7) und vier Nichtstrukturproteine ​​(NS1, NS2, NS3, NS3A) kodieren. Ziel dieser Studie ist die Analyse des Proteins (VP2) der in der Datenbank des National Center for Biotechnology Information (NCBI) aufgeführten Stämme des Afrikanischen Pferdepestvirus (AHSV), um alle möglichen Epitope auszuwählen, die zur Entwicklung eines Peptidimpfstoffs verwendet werden können.

Materialien und Methoden: Am 7. September 2016 wurden insgesamt 27 Sequenzen des äußeren Kapsidproteins (VP2) des Afrikanischen Pferdepestvirus (AHSV) aus der Datenbank des National Center for Biotechnology Information (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=VP2+African+horse+sickness+virus) abgerufen. An ihnen wurden mithilfe der Immune Epitope Analysis Database (IEDB) mehrere Tests durchgeführt, um die hochkonservierten immunogenen Epitope von B- und T-Zellen zu erkennen, aus denen alle möglichen Epitope ausgewählt werden konnten, die als therapeutischer Peptidimpfstoff verwendet werden können.

Ergebnisse und Diskussion: Bezüglich der Epitope, die eine Antikörper-Immunreaktion auslösen würden, wurden „FSPEYY, DKVVEDPESY und YDTDQNVV“ zur Stimulierung von B-Zellen vorgeschlagen. Während 5 Epitope für jedes MHC I und II als potenziell vielversprechende Epitope angesehen wurden, da sie die höchste Anzahl an Allelen banden, wurde festgestellt, dass alle diese Epitope eine hohe Bindungsaffinität und die niedrigste Bindungsenergie an den Haplotyp des equinen MHC-Klasse-I-Moleküls (ELA-A3) auf struktureller Ebene aufweisen. Die Epitope „YAYCLILAL und YTFGNKFLL“ wurden vertreten, da sie an die höchste Anzahl an Allelen gebunden waren. Trotz der Bindung an 4 Allele wurde das Epitop WFFDYYATL vertreten, da es die niedrigste Gesamtenergie aufweist. Unseres Wissens gibt es keinen epitopbasierten Impfstoff gegen das Afrikanische Pferdepestvirus (AHSV), der In-silico-Ansätze verwendet.