Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

In-Silico-Analyse von alkalischen Schockproteinen in Enterobakterien

Seetharaaman Balaji, V. Murali Krishnan

Alkalische Schockproteine ​​(ASPs) passen sich atypischen Bedingungen an und werden in eine Familie kleiner Proteine ​​eingeteilt. Alkalische Schockproteine ​​werden in vielen Bakterien gefunden und sind an Stressreaktionen beteiligt. Die molekulare Grundlage für das Überleben von Bakterien unter extremen Bedingungen, bei denen das Wachstum gehemmt wird, ist eine Frage von großem aktuellen Interesse. Es wurde eine vorläufige Studie durchgeführt, um die Erhaltung des Restmusters unter den alkalischen Schockproteinen von Darmbakterien zu bestimmen, die für die extreme alkalische Toleranz insbesondere bei Staphylococcus und Streptococcus verantwortlich sind. Um es zu entschlüsseln: Ist in den alkalischen Schockproteinen ein Geheimnis verborgen? Es wurde ein bioinformatischer Ansatz verwendet und die molekularen Beweise belegten die Verwandtschaft zwischen Staphylococcus und Streptococcus in Bezug auf ASP. Die Sequenz-, Struktur- und phylogenetischen Analysen schlossen auf die Verwandtschaft verschiedener Bakterien in Bezug auf das konservierte Motiv (VDNNKAK) von ASPs. Für verschiedene Bakterien wurde eine automatische funktionelle Annotation von Subsystemen von 172 homologen ASPs durchgeführt. Derzeit ist die Struktur des ASPs nicht in der Proteindatenbank (PDB) verfügbar. Da die Staphylococcus-Arten die Wurzel des phylogenetischen Baums bildeten, wurde die Struktur des Staphylococcus aureus (Stamm bovin RF122) modelliert, um den Aufbau und Mechanismus besser zu verstehen.