Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

In silico Entdeckung neuer Proteindomänen in Streptococcus mutans

Anand Ramesh Varsale, Amol Shriram Wadnerkar, Rajendra Haribhau Mandage und Priyanka Khasherao Jadhavrao

Streptococcus mutans ist weltweit der Haupterreger von Zahnkaries und gilt als der kariogenste aller oralen Streptokokken. Wir wollten unser Verständnis dieses Organismus auf molekularer Ebene durch Identifizierung und Funktionsvorhersage neuer Proteindomänen erweitern. Dazu verwendeten wir zwei automatisierte Ansätze mit HMM und BLAST, um einen vollständigen Satz von Domänen zu entwickeln, die dann anschließend manuell analysiert wurden. Ein endgültiger Satz von 19 neuen Domänen und Familien wurde identifiziert. Dies verbessert unser Verständnis sowohl von S mutans als auch von allgemeinen bakteriellen molekularen Mechanismen, einschließlich der Proteinsynthese bis hin zur katalytischen Wirkung. Darüber hinaus zeigen wir, dass es mit dieser Art von In-silico-Methode möglich ist, relativ schnell neue biologische Informationen aus zuvor unkorrelierten Daten zu generieren, um die Entdeckungsrate im Labor zu erhöhen.