Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

In silico Funktionsanalyse von FLC- und FT-Genen, die für die Verzögerung und Beschleunigung des Blühbeginns verantwortlich sind

Mostafa Khoshhal Sarmast

In silico wurden Funktionsanalysen der Gene FLOWERING LOCUS C (FLC) und FLOWERING LOCUS T (FT) durchgeführt. Die Erkennung von cis-regulatorischen Modulen und ihre Organisation sind eine Voraussetzung für Informationen über die Regulierung der Genexpression. Dementsprechend wurde in dieser Studie eine Promotoranalyse der FT- und FLC-Gene in Arabidopsis und ihrer Orthologen in Prunus persica mithilfe von PlantPan- und PLANCARE-Servern durchgeführt, bei der die integrierende Transkriptionsfaktor-Bindungsstelle (TFBs) an Hormon- und Stresssignalen beteiligt war. Lichtreaktive Elemente wurden ebenfalls untersucht. Unter den in FT und FLC identifizierten reagierenden Elementen hatte Arabidopsis die höchste Anzahl reagierender Elemente. Dies liegt teilweise daran, dass P. persica tagneutral ist, während Arabidopsis eine fakultative Langtagpflanze ist. Die Ergebnisse der Motiverkennung in FT- und FLC-Proteinen mit dem MEME-Server zeigten, dass FT stark konserviert ist, die Anzahl der Motive lässt jedoch darauf schließen, dass das FLC-Protein weitaus mehr Motive aufweist, was wahrscheinlich auf seine höhere Aminosäurelänge zurückzuführen ist. Einige bestimmte TFs wie AGAMOUS (AG), AGAMOUS LIKE (AGL), LEAFY (LFY) und APETALA1 (AP1) wurden vom PlantPan-Webserver in der Analyse der FT- und FLC-Promotoren gefunden. Sie waren auch in der Protein-Protein-Interaktionsnetzwerkanalyse vorhanden, was die Frage aufwirft, ob FT oder FLC positive oder negative Regulatoren ihrer eigenen Expression in einer Rückkopplungsschleife sein können.