Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

In Silico Struktur- und Funktionsvorhersage des hypothetischen Proteins PHA aus Phaseolus vulgaris VU_004G136400g

Zohaib Bashir, Muhammad Rizwan, Kanwal Mushtaq, Anum Munir und Ishtiaq Ali

Hypothetische Proteine ​​(HPs) sind Proteine, deren Vorkommen vorhergesagt wurde, deren In-vivo-Funktion jedoch nicht nachgewiesen wurde. Die Veranschaulichung der strukturellen und funktionellen Geheimnisse dieser HPs könnte auch zu einem besseren Verständnis der Protein-Protein-Beziehungen oder -Netzwerke in verschiedenen Lebensformen führen. Die Gartenbohne (Phaseolus vulgaris) ist die wichtigste Hülsenfrucht für den direkten menschlichen Verzehr weltweit, die wichtigste Körnerhülsenfrucht für den menschlichen Verzehr und spielt eine Rolle in der nachhaltigen Landwirtschaft, da sie dank ihrer Fähigkeit, atmosphärischen Stickstoff zu binden, eine Rolle spielt. Trotz der Bedeutung dieser Nutzpflanzenart ist ihre Genetik jedoch nur unzureichend charakterisiert. In der vorliegenden Studie wurde das hypothetische Protein von Phaseolus vulgaris (Gartenbohne) zur Analyse und Modellierung durch verschiedene bioinformatische Tools und Datenbanken ausgewählt. Wie durch Primär- und Sekundärstrukturanalyse gezeigt, ist XP_007152511.1 ein stabiles hydrophobes Protein, das eine bemerkenswerte Menge an α-Helices enthält; Zur Homologiemodellierung wurde der SWISS-MODEL-Server verwendet, bei dem die Vorlagenidentität mit dem XP_007152511.1-Protein gering war, was die Neuheit unseres Proteins belegte. Die Ab-Anfangsstrategie wurde durchgeführt, um seine 3D-Struktur zu erzeugen. Einige Bewertungen von Qualitätsbewertungs- und Validierungsparametern ergaben, dass das generierte Proteinmodell stabil und von wirklich hoher Qualität ist. Die Funktionsanalyse wurde von ProtFun 2.2 durchgeführt, und KEGG (KAAS) empfahl, dass das hypothetische Protein ein Translationsfaktor mit nuklearer Domäne ist. Es wurde beobachtet, dass das Protein für den Translationsprozess energetisch ist und an Transmembranbarrieren, Signal- und Zellprozessen sowie an der Proteinbindung beteiligt ist. Es wird vermutet, dass eine weitere Testgenehmigung dazu beitragen würde, die Strukturen und Funktionen anderer, nicht charakterisierter Proteine ​​verschiedener Pflanzen und Lebewesen vorherzusagen.